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标题: 请教大家都是怎么解决伞形采样不足的问题的？ [打印本页]

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2020-3-7 14:16
标题: 请教大家都是怎么解决伞形采样不足的问题的？
请问大家，在用伞形采样求PMF曲线的时候，是怎么保证histograms有合适的overlap的？有好的经验推荐吗？我分别模拟了三种不同拉力常数k值的情况，但是每一种里面都在相似的位置采不到数据，不知道怎么解决？

例图是牵引一个离子穿过蛋白通道的例子，如左图，在每隔0.03 nm取一个构型后，进行100 ps npt平衡，可以看出平衡后在0和-0.25 nm处缺少采样点，离子平衡到了相邻的其他位置。在运行1ns MD后（中图），在0，-0.25, -0.5 nm处也缺失采样点（曲线之间的空白处），大概就是离子在这几个位置待不住。其实这个结果已经是我在初始采样的时候刻意在0，-0.25, -0.5处多采集了十几个构型得到的结果，但是离子somehow总是最终平衡在其他位置。所以histogram(右图)看起来也很糟糕。
不知道大家有什么建议吗？我可以在npt和md的时候把k值单独再设大点吗？不过k值增大的话histogram里钟形曲线会变的窄吧？会不会更不容易重叠了？
非常感谢回答！

作者
Author: CrysW555 时间: 2022-3-29 12:19
我也遇到了和您相似的问题，请问您是如何解决的？

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-3-30 08:30

CrysW555 发表于 2022-3-29 12:19
我也遇到了和您相似的问题，请问您是如何解决的？

先尝试对采样得到的conf.gro跑平衡时用较大的k值。如果实在从轨迹里提取不到特定位置的gro文件，就手动把gro文件里面的离子位置数据修改一下，使得离子初始位于缺失的位置，然后再最小化--平衡模拟，这里也要修改k值以得到合适的结果。k值特别大的时候，对应地histo.xvg里的钟形曲线会很窄，也不好让histo.xvg获得一个比较好的overlap。

作者
Author: CrysW555 时间: 2022-4-2 15:45

Eva_Winter 发表于 2022-3-30 08:30
先尝试对采样得到的conf.gro跑平衡时用较大的k值。如果实在从轨迹里提取不到特定位置的gro文件，就手动把 ...

我在拉伸之后提取到的各个轨迹都是处于等间隔的位置，但是进行伞形采样时就无法位置在那个位置，而是向旁边能量较低的位置偏移，导致直方图中的各个窗口曲线无法很好的重叠。请问您的意思是在伞形采样之前对各个构象的短的平衡过程时使用较大的力限制在相应的反应坐标位置，然后伞形采样时再更换为正常大小的力常数吗？

作者
Author: Eva_Winter 时间: 2022-4-14 19:09

CrysW555 发表于 2022-4-2 15:45
我在拉伸之后提取到的各个轨迹都是处于等间隔的位置，但是进行伞形采样时就无法位置在那个位置，而是向旁 ...

哦哦那不太一样，我取的轨迹都不能取到所有的位置。如果你初始位置都能取到等间距的，那就尽量增大力常数吧。然后如果k太大，histo.xvg的钟形曲线会太细，可以减小间隔再多取一些初始轨迹。

作者
Author: CrysW555 时间: 2022-4-19 11:45

Eva_Winter 发表于 2022-4-14 19:09
哦哦那不太一样，我取的轨迹都不能取到所有的位置。如果你初始位置都能取到等间距的，那就尽量增大力常数 ...

好的好的，感谢感谢

作者
Author: JillW 时间: 2025-5-28 15:30

CrysW555 发表于 2022-4-19 11:45
好的好的，感谢感谢

我增加了力场数，甚至到了40000都不太行，还是会跑到其他位置，导致histo.xvg缺了一段，但是我尽管初始模拟的时候取得是等间距的。我也尝试了增加采样点，结果也不太行，而且k增大钟形曲线很容易变窄，感觉还是1000的时候比较好。

请问您最后是怎么解决的呢？

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2025-5-29 15:02

JillW 发表于 2025-5-28 15:30
我增加了力场数，甚至到了40000都不太行，还是会跑到其他位置，导致histo.xvg缺了一段，但是我尽管初始模 ...

说明你的CV不好，会经过自由能很高的区域导致无法采样，只能修改CV

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