计算化学公社

标题: pi-pi堆积二聚体势能面扫描问题求助 [打印本页]

作者
Author: 珊珊来迟 时间: 2020-3-8 07:47
标题: pi-pi堆积二聚体势能面扫描问题求助
拜读了sob老师的文章：《详谈使用Gaussian做势能面扫描》http://sobereva.com/474，但对如何如何对pi-pi堆积二聚体势能面扫描的问题，sob老师提到的是自己写程序解决：
“产生多帧的xyz轨迹（这是最简单的记录多帧结构的格式），每一帧对应把单体在X和Y方向上平移不同的数值，然后再用xyz2QC转化成Gaussian输入文件，最后用Gaussian执行、批量提取数据。”
因为没有写脚本的经验，想请教一下大家这句话是什么意思？怎么通过bash语句来实现？有没有例子可以学习一下？或者推荐一下可以学习书写简单脚本的书籍？
具体想做的就是：两个分子都平行于xy平面，二者之间的距离不变，然后将其中一个分子沿x，y方向移动，进行二维扫描，得到能量最低的构型。
还有一个问题：对于扫描过程中的每一个二聚体构型，应采用的是单点能计算，还是完全的结构驰豫？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-8 11:28
普通人版/不会写代码版：你先构造出单体，只要对称性是合适的，GV保存下来应该就是在xy平面上。接着把gjf文件里的坐标（用Notepad++打开gjf）复制进EXCEL表格，你想平移、复制怎么都行，运用高中数学即可。

会写代码版：任选一种语言（如Python, Fortran, C/C++等），运用高中数学加加减减就行。这种操作不太适合shell语言来写（不是不行，是不如前几种直观、简单）。

如果什么编程语言都不会，推荐使用第一种；如果你下定决心学一种编程语言，以后也想写更高级的功能，花几个小时学一下python基本操作，就能达到你的目的。至于怎么写/例子这些网上实在是太多了，自己搜一下就行。

作者
Author: liuyuje714 时间: 2020-3-8 14:18
同上，不过我还是觉得shell中awk编程还是挺赞的，语法与C类似，适合做文本文件的处理以及格式化，比如读xyz格式文件以及坐标处理纯属小菜一碟。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)