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标题: ORCA单点报错求助 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-7 22:11
标题: ORCA单点报错求助
本帖最后由土拔鼠于 2020-3-7 22:57 编辑

我用的版本是ORCA 4.2.0 shared_openmpi314
openmpi只装了一个就是openmpi314

ORCA输入文件为Multiwfn 3.7生成的  计算任务类型是单点级别是RI-PWPB95-D3(BJ)/def2-QZVPP 加了弥散函数体系是有机体系 96原子
输入文件中我只修改了%maxcore 3000 和%pal nprocs  36 其他没有改动
服务器是36核 128G内存

报错信息如下
         ************************************************************          *       Program running with 36 parallel MPI-processes *
         *             working on a common directory             *
         ************************************************************
One Electron integrals                ... done
Pre-screening matrix                   ... done
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 8 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 36  /home/steven/orca_4_2_0_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi orca200espoint.int.tmp orca200espoint
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

请教一下大家这可能是哪里出现问题
谢谢大家

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-7 23:00
我修改了%maxcore 2500 和 %pal nprocs  30

任务可以执行一段时间我打开Htop监测运行情况大约2分钟之后内存突然变成100% 然后任务就终止了

报错信息如下

         ************************************************************
         *       Program running with 30 parallel MPI-processes *
         *             working on a common directory             *
         ************************************************************
One Electron integrals                ... done
Pre-screening matrix                   ... done

WARNING! Potentially linear dependencies in the auxiliary basis (\J).
===>> Running eigenvalue decompsition instead (RIFLAG[1]<0).
      This is not supported with all the options/modules.
      If the calculation crashes, please re-try with a different auxiliary basis.
--------------------------------------------------------------------------
Primary job  terminated normally, but 1 process returned
a non-zero exit code. Per user-direction, the job has been aborted.
--------------------------------------------------------------------------
--------------------------------------------------------------------------
mpirun noticed that process rank 3 with PID 0 on node localhost exited on signal 9 (Killed).
--------------------------------------------------------------------------

ORCA finished by error termination in GTOInt
Calling Command: mpirun -np 30  /home/steven/orca_4_2_0_linux_x86-64_shared_openmpi314/orca_gtoint_mpi orca200espoint.int.tmp orca200espoint
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 458]:
  .... aborting the run

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 00:06
本帖最后由土拔鼠于 2020-3-8 00:22 编辑

相同的设置试了一下去掉弥散函数就可以正常运行带着弥散就会报错

我想在ORCA中用混合基组比如1-3原子用PWPB95 D3 ma-def2-TZVPP 其余的原子用 PWPB95 D3 def2-TZVPP
请教一下各位老师改怎么设置

之前的输入关键词
! PWPB95 D3 ma-def2-TZVPP autoaux RIJCOSX grid4 gridx4 tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore 3000
%pal nprocs  36 end
* xyz 0 1
C    -1.00000000 -1.17777900 -4.27820600
C    0.00000000 -0.36714300 -3.08859600
C    0.00000000 -1.23160700 -2.15474300
C    0.00000000 -0.50563400 -1.03613900
O    0.00000000 0.70675200 -0.67436000
O    0.00000000 -0.95259900 -0.41399700
C    -1.00000000 -6.31380900 -2.96895000
C    0.00000000 -6.12159000 -1.48861200
C    0.00000000 -4.67071900 -1.10265600
.
.
.
  *

谢谢各位

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-8 02:37

土拔鼠发表于 2020-3-7 23:00
我修改了%maxcore 2500 和 %pal nprocs 30

任务可以执行一段时间我打开Htop监测运行情况大约2分钟之 ...

看看别用autoaux，自己给定辅助基组能不能正常运行

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-8 02:38

土拔鼠发表于 2020-3-8 00:06
相同的设置试了一下去掉弥散函数就可以正常运行带着弥散就会报错

我想在ORCA中用混合基组比如1-3原子 ...

看手册8.1.1.2节

作者
Author: alexanderqi 时间: 2020-3-8 12:41
是用自己的服务器计算的还是在外面的超算上算的？使用slurm调度器的时候可能会因为mpirun的设置而出现类似的报错，可以参考https://guido.vonrudorff.de/2018/orca-in-slurm-native-mode/解决。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-8 14:13
用def2-QZVP

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-8 16:48
弥散的锅去掉弥散就行

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 17:49

liyuanhe211 发表于 2020-3-8 02:38
看手册8.1.1.2节

谢谢李老师

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 17:50

alexanderqi 发表于 2020-3-8 12:41
是用自己的服务器计算的还是在外面的超算上算的？使用slurm调度器的时候可能会因为mpirun的设置而出现类似 ...

谢谢收藏一下先是用自己服务器算的

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 17:52

sobereva 发表于 2020-3-8 14:13
用def2-QZVP

谢谢社长我试了一下用小基组或者不带弥散就可以进行

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 17:54

wuzhiyi 发表于 2020-3-8 16:48
弥散的锅去掉弥散就行

谢谢确实是弥散的锅我再试试用ORCA混合基组 Gaussian算这个体系的双杂化太费时间了

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-8 19:30

liyuanhe211 发表于 2020-3-8 02:38
看手册8.1.1.2节

李老师想请教您一下我看了手册8.1.1.2 Basis Set Options
按照 CuCl4的例子

我是不是可以在按照Multiwfn生成的输入文件基础上
在我需要指定特定基组的原子坐标后面直接加上基组信息比如

C 0.00000000 -1.23160700 -2.15474300 newGTO "ma-def2-TZVP" end

那这个原子就会优先使用我输入的基组信息而不用上面关键词的 def2-TZVP

我试了一下是可以运行的但我对ORCA不是很了解心里没有底也不知道到底有没有加弥散

还有比如autoaux RIJCOSX grid4 gridx4 noautostart miniprint nopop 这些Multiwfn生成的关键词我在进行这种混合输入的时候需要进行特殊的改动吗？还是直接保留就可以

谢谢

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-9 04:54

土拔鼠发表于 2020-3-8 17:54
谢谢确实是弥散的锅我再试试用ORCA混合基组 Gaussian算这个体系的双杂化太费时间了

def2-QZVPP高角动量其实已经有弥散性了再加弥散意义不大

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-9 07:19
除非算阴离子体系，否则用def2-QZVP比起ma-def2-TZVP的做法明显更适合，参看比如
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-9 10:38

sobereva 发表于 2020-3-9 07:19
除非算阴离子体系，否则用def2-QZVP比起ma-def2-TZVP的做法明显更适合，参看比如
使用量子化学程序基于簇 ...

谢谢社长我在做热力学循环的时候分别要算AH和A-的较高精度的单点因为要计算级别严格一致所以我在算中性体系时候相应的区域也要加弥散

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-9 10:40

wuzhiyi 发表于 2020-3-9 04:54
def2-QZVPP高角动量其实已经有弥散性了再加弥散意义不大

谢谢叻如果实在搞不定我就不加弥散去算了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)