计算化学公社

标题: 从findit导出的晶胞不能进行正常计算 [打印本页]

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Author: 大脸猫 时间: 2015-8-27 20:57
标题: 从findit导出的晶胞不能进行正常计算
大家好，我在findit里找到了我所做物质的晶胞，但是用MS和VASP都不能进行正常计算，MS是提交任务后说任务失败，用vasp提交可以进行优化，但是优化出来的曲线不光滑，还有错点，这个怎么解决呢？file:///D:\My Documents\Tencent Files\2039636750\Image\Group\3_4PX3N0K{]~YR$}X}%72}D.png同时我用findit 里的部分原子坐标建了一个新的晶胞，这个晶胞的XRD和jade 里的峰高不同，但每条线都对上了，能说我建的这个晶胞是正确的么？[img]file:///D:\My Documents\Tencent Files\2039636750\Image\Group\Z([DM3_4UEJO2)B8204H$F0.png[/img]
红色是标准卡的,findit导出来的晶胞也是这个XRD，黑色是我自己建的，谢谢大家。

作者
Author: 大脸猫 时间: 2015-8-27 22:10
这是从findit导出来的晶胞，谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-28 01:56
检查了一下cif文件，其中有个Cu原子占据数并不是1，而是0.33。要处理这个情况要么使用更大的超胞模型，然后逐步计算这些空缺分布的可能；或者采用虚晶近似（VCA），这个VASP和DMol3都没办法实现，只有CASTEP可以这样，但结果的可靠性也很难说。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-8-28 08:52

卡开发发发表于 2015-8-28 01:56
检查了一下cif文件，其中有个Cu原子占据数并不是1，而是0.33。要处理这个情况要么使用更大的超胞模型，然后 ...

嗯，昨天我就跟她说了，这个很大可能是cif的问题。可能她作为初学者不太懂占据数的意思。
占据数是0.33，表示三个cell才出现一个Cu。也就是说这个晶体是个多晶。你的模型至少也要建成unit cell的3倍才能正确表示这个晶体。你用unit cell当然是不对的。此外，这个晶体的真正unit cell至少应该是 3*cif

作者
Author: 大脸猫 时间: 2015-8-28 11:57

卡开发发发表于 2015-8-28 01:56
检查了一下cif文件，其中有个Cu原子占据数并不是1，而是0.33。要处理这个情况要么使用更大的超胞模型，然后 ...

谢谢，我又算了一个3*3*3和4*4*4的超胞，计算时都显示Converting to higher symmetry will significantly improve the speed of this calculation.If you want to make this conversion choose Yes.If you want to proceed with P1 symmetry choose No.我选了No，用P1计算，但是计算还是失败了，我是用24个核算的，是不是和数不够不能计算？

作者
Author: 大脸猫 时间: 2015-8-28 11:58

jiewei 发表于 2015-8-28 08:52
嗯，昨天我就跟她说了，这个很大可能是cif的问题。可能她作为初学者不太懂占据数的意思。
占据数是0.33 ...

谢谢老师，但是我建成3*3*3和4*4*4也还是不能计算，用了24个核，是不是太少了？还是有什么别的原因？

作者
Author: 大脸猫 时间: 2015-8-28 12:18

卡开发发发表于 2015-8-28 01:56
检查了一下cif文件，其中有个Cu原子占据数并不是1，而是0.33。要处理这个情况要么使用更大的超胞模型，然后 ...

您好，我也参考了一下李明宪老师的VCA教程，晶胞是没有问题的，但就是算不了，这个您还知道怎么办么？

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-8-28 13:05

大脸猫发表于 2015-8-28 12:18
您好，我也参考了一下李明宪老师的VCA教程，晶胞是没有问题的，但就是算不了，这个您还知道怎么办么？

之前只是看到占据数的问题，后来还是看了一下结构，三个占据数为1/3的原子距离也太近了，感觉结构是不对的。这样报错要么是原子距离太近，要么是SCF难收敛，要么就是结构优化出错。先保证cif文件正确再说。

还有，MS界面是不支持一个site的总占据数<1的，你改完发觉还会被自动改回来，你可以先改成Cu0.33Fe0.67，然后在CASTEP的选项卡下save fles，然后手工修改.cell文件。

作者
Author: 大脸猫 时间: 2015-8-28 15:10

卡开发发发表于 2015-8-28 13:05
之前只是看到占据数的问题，后来还是看了一下结构，三个占据数为1/3的原子距离也太近了，感觉结构是不对 ...

好的，我试试，谢谢

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