计算化学公社

标题: 得到一个化合物的不同晶体结构，如何计算的晶体能量之间的差别 [打印本页]

作者
Author: 逸风舞摆 时间: 2020-3-8 21:10
标题: 得到一个化合物的不同晶体结构，如何计算的晶体能量之间的差别
合成了一个纯有机大分子，原子数和分子量都比较大，原子数在170个左右。
现在得到了两种不同的晶体结构，想求得两种晶体结构的能量差值。
用高斯运算，先优化了一下，用的低精度，原子的位置发生了变化，这样算的能量就不能用了吧？
请问这种情况有比较好的解决办法吗？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-9 06:44
这通常是第一性原理程序算的范畴，不适合量化计算。虽然也有量化计算的做法，诸如J. Chem. Phys. 151, 144103 (2019)，但对于这么大分子搞不动。

作者
Author: 逸风舞摆 时间: 2020-3-10 15:48

sobereva 发表于 2020-3-9 06:44
这通常是第一性原理程序算的范畴，不适合量化计算。虽然也有量化计算的做法，诸如J. Chem. Phys. 151, 1441 ...

谢谢

作者
Author: 逸风舞摆 时间: 2020-3-16 08:25

sobereva 发表于 2020-3-9 06:44
这通常是第一性原理程序算的范畴，不适合量化计算。虽然也有量化计算的做法，诸如J. Chem. Phys. 151, 1441 ...

sob老师今天逛论坛看到molclus 我这个问题可不可以用molcus 找出不同构象然后算能量差

作者
Author: wxy 时间: 2020-3-16 11:04
可以试试冻结重原子，在气相条件下只优化氢原子，然后用高级别方法计算单点能。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 13:32

逸风舞摆发表于 2020-3-16 08:25
sob老师今天逛论坛看到molclus 我这个问题可不可以用molcus 找出不同构象然后算能量差

这和molclus没关系。你必须考虑晶体环境，单独把分子放到真空里来算是没意义的。分子自身的构象，以及分子之间的相互作用，同时决定晶体的能量。

作者
Author: 逸风舞摆 时间: 2020-4-2 21:08

sobereva 发表于 2020-3-17 13:32
这和molclus没关系。你必须考虑晶体环境，单独把分子放到真空里来算是没意义的。分子自身的构象，以及分 ...

sob老师，我刚看文献的时候，看到一个和我类似情况的，也是计算了一个大分子两种构型的能量差，他的计算方法的原文（J. Am. Chem. Soc. 2019, 141, 6468−6472）是
“All DFT-D2 calculations were carried out with the VASP 5.4 code using the GGA+PBE
exchange-correlation functional. The projector augmented wave (PAW) method was used to
represent the electron-ion interactions with a kinetic energy cutoff of 400 eV. All structures
were constrained in a cubic box with a side length of 25 Å and relaxed to a force convergence
of 0.03 eV/Å.”
想请教老师，现在我Gaussian的基本操作是可以的，对各种算法也有一定的了解，不过，对上述的方法我从来没接触过，这是第一性原理上的？所以想请教老师如何才能完成它上述的操作。谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 05:05

逸风舞摆发表于 2020-4-2 21:08
sob老师，我刚看文献的时候，看到一个和我类似情况的，也是计算了一个大分子两种构型的能量差，他的计算 ...

算孤立体系不要用第一性原理程序程序，不方便，能用的计算级别、分析手段又很少。如果文中算的是孤立体系，属于严重非主流做法

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