计算化学公社

标题: 求助：能否中止mdrun命令？ [打印本页]

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-9 18:07
标题: 求助：能否中止mdrun命令？
是这样的，我在做一个三万原子的NPT平衡，我在运算时提交了命令大概十分钟，然后意识到mdp文件的编辑有些问题,然后在文件夹上双击打开并修改了正在使用的mdp文件（A操作），但总觉得不太妥，于是我在超算上重新建了一个新的文件夹，并把做NPT之前的文件全部复制到新文件夹下修改mdp文件又重新提交进行NPT平衡（B操作），然后A操作的界面上提示计算完毕，两个半小时了B操作的界面一直如下图所示，但是B操作生成的文件大小一直都没有变化，请问第二次计算是否也已计算完毕？还有如果提交mdp文件以后发现不妥有什么办法能够中止mdrun命令？

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-9 18:37
本帖最后由 snljty 于 2021-2-18 17:06 编辑

Ctrl+c event如果是作业系统，杀掉作业就行。

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-3-9 19:11

snljty 发表于 2020-3-9 18:37
Ctrl+c event

event是指提交的命令吗？

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-9 20:15

王寓于发表于 2020-3-9 19:11
event是指提交的命令吗？

按Ctrl+c就行

作者
Author: 心羽1971411 时间: 2021-2-18 16:33
请问ctrl+c后还能接着继续算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-2 02:28

心羽1971411 发表于 2021-2-18 16:33
请问ctrl+c后还能接着继续算吗？

拿cpt文件续算就行

作者
Author: yellow_red_one 时间: 2023-3-31 17:53
各位大佬好，我因为失误而把好几条mdrun的命令都挂到实验室服务器的后台了，但是我试了ctrlC好像也没有结束，想问问除了关服务器之外有什么解决办法吗？

作者
Author: snljty2 时间: 2023-3-31 18:10

yellow_red_one 发表于 2023-3-31 17:53
各位大佬好，我因为失误而把好几条mdrun的命令都挂到实验室服务器的后台了，但是我试了ctrlC好像也没有结束 ...

kill -9 PID号。另外单节点不要编译MPI版本Gromacs，又不方便又慢。编译thread-MPI+OpenMP版，使用方式看gmx mdrun -h搜ntmpi和ntomp。

作者
Author: yellow_red_one 时间: 2023-4-1 12:28

snljty2 发表于 2023-3-31 18:10
kill -9 PID号。另外单节点不要编译MPI版本Gromacs，又不方便又慢。编译thread-MPI+OpenMP版，使用方式看 ...

感谢！

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