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标题: Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率测试 [打印本页]
作者
Author: pika02    时间: 2020-3-11 15:05
标题: Zen2下linux和win中ORCA的速度和并行效率测试
硬件：CPU为3950X 16核（降压0.085V，PBO全自动），B450芯片组，双通道DDR4 3200 32GB*2。
系统和软件：Linux Mint Debian Edition 3 (LMDE3 Cindy)，ORCA 4.2.1，OpenMPI 3.1.4；Windwos 10 Pro for Workstations，ORCA 4.2.1，Microsoft MPI 10.1.2。
测试文件：vomilenine的结构优化 (, 下载次数 Times of downloads: 38)


结果一表流：
                                               
cores
time
time / s
spd. vs. 1 core
eff. vs. 1 core
spd. vs. win
orca 4.2.1
openmpi 3.1.4

linux mint
debian edition 3
1
2h56min53.3s
10613.3
1.00
100.0%
114.01%
2
1h28min28.0s
5308.0
2.00
100.0%
120.74%
4
49min24.4s
2964.4
3.58
89.5%
114.67%
8
26min4.6s
1564.6
6.78
84.8%
116.79%
12
18min41.6s
1121.6
9.46
78.9%
123.52%
16
16min19.6s
979.6
10.83
67.7%
128.99%
cores
time
time / s
spd. vs. 1 core
eff. vs. 1 core
spd. vs. linux
orca 4.2.1
microsoft mpi 10.1.2

windows 10 pro
for workstation
1
3h21min39.9s
12099.9
1.00
100.0%
87.71%
2
1h46min48.8s
6408.8
1.89
94.4%
82.82%
4
56min39.3s
3399.3
3.56
89.0%
87.21%
8
30min27.3s
1827.3
6.62
82.8%
85.62%
12
23min5.4s
1385.4
8.73
72.8%
80.96%
16
21min3.6s
1263.6
9.58
59.8%
77.52%

二图流：
(, 下载次数 Times of downloads: 40)

(, 下载次数 Times of downloads: 49)

可以看出，linux下的ORCA始终强于windows下，但强得不算很过分。某软件win版比linux版慢一半多，用win版简直自取其辱
并行效率随核数增长而下降是非常明显的，如果要计算中小体系的一系列分子，最好是一个任务使用较少核心，然后多开任务。我同时开2个8核测试，分别花了28min13s和28min16s，略比单开8核任务慢，但肯定比用上16核一个接着一个跑明显要快。

日常使用windows的用户要用ORCA的话也没必要折腾虚拟机了。但是之前有群友优化一百多原子体系时，win版的orca报错，不知是不是msmpi的锅，这种情况最好还是用linux版本试一下。

作者
Author: xp47    时间: 2020-3-11 15:18
优秀😂 师弟看起来可以在windows下做msdft了哈哈哈哈哈
作者
Author: yygong    时间: 2020-3-11 15:25
本帖最后由 yygong 于 2020-3-11 15:28 编辑

请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸 中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了
作者
Author: pika02    时间: 2020-3-11 18:52
yygong 发表于 2020-3-11 15:25
请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸 中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 19&fromuid=4659
作者
Author: 天道啊啊    时间: 2020-3-11 18:59
问一下你的LINUX是虚拟机还是直接安的系统？ 我用vmware workstation虚拟机上的ubuntu 19.04，和WIN10教育版 1809对比，采用3950X锁4.0G，差距没你这么大，是因为虚拟机的性能损失？
作者
Author: yygong    时间: 2020-3-11 20:43
pika02 发表于 2020-3-11 18:52
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=redirect&goto=findpost&ptid=6392&pid=109619&fromuid=4659

非常感谢！
作者
Author: pika02    时间: 2020-3-12 00:09
天道啊啊 发表于 2020-3-11 18:59
问一下你的LINUX是虚拟机还是直接安的系统？ 我用vmware workstation虚拟机上的ubuntu 19.04，和WIN10教育 ...

我直接装物理机上的
作者
Author: sobereva    时间: 2020-3-12 11:43
yygong 发表于 2020-3-11 15:25
请问能否分享下win版的ORCA 4.2.1，sob老师分享各个版本的逆戟鲸 中没有win 版本的ORCA 4.2.1，谢谢了

4.2.1和4.2基本没差别
作者
Author: monoyu    时间: 2020-3-22 21:01
你好，看你之前的发的机器配置，msi B450i 的内存是上了32GB×2是吧？看官网上关于主板的规格介绍总内存只支持到32GB？有点疑惑。
作者
Author: pika02    时间: 2020-3-23 00:07
本帖最后由 pika02 于 2020-3-23 00:09 编辑
monoyu 发表于 2020-3-22 21:01
你好，看你之前的发的机器配置，msi B450i 的内存是上了32GB×2是吧？看官网上关于主板的规格介绍总内存只 ...

官网介绍的信息比较旧，卖内存的商人跟我说点不亮包退，我就放心大胆下单了两条32g
你也没必要照着我的配置抄，能上豪华供电的大板还是尽量上

作者
Author: Picardo    时间: 2020-3-23 09:18
好贴，没用过orca，对速度没有直观的概念。请问这个体系要是到IU上同样的核大概是什么个时间
作者
Author: monoyu    时间: 2020-3-23 11:44
pika02 发表于 2020-3-23 00:07
官网介绍的信息比较旧，卖内存的商人跟我说点不亮包退，我就放心大胆下单了两条32g
你也没必要照着我的 ...

感谢解疑。
作者
Author: pika02    时间: 2020-3-23 14:42
本帖最后由 pika02 于 2020-3-23 14:48 编辑
Picardo 发表于 2020-3-23 09:18
好贴，没用过orca，对速度没有直观的概念。请问这个体系要是到IU上同样的核大概是什么个时间

不同时期的IU也没法比；之前找朋友试了一下2696V2，开12核跑同样任务花了这个时间的约两倍
作者
Author: gozxc    时间: 2020-6-10 13:33
谢谢楼主，参考一下，win10，ORCA 4.2.1，2667V2，16核，花了36min21sec
作者
Author: monoyu    时间: 2020-6-11 11:37
感谢楼主。
CPU: 3900X 12核（1.360V，锁全核4.2GHz），B450芯片组，双通道DDR4 2666 16GB*2。
ORCA 4.2.0，Windwos 10 Pro 1903，Microsoft MPI 10。
用时 22min22sec, 供大家参考。



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