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标题: 求助 rerun报错 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-11 21:39
标题: 求助 rerun报错
我的体系是蛋白-有机溶剂-底物在产生相模拟200 ns后按照培训班中的Actos4 例子去进行rerun

200ns的轨迹rerun了2天都没有结束

我之后kill掉任务重新rerun看了一下在rerun的前10分钟 cpu都是满载24核同时在跑 md.log也在不断更新十分钟之后突然变成单核在运行整个gmx 并且后台出现了很多名称为“dd_dump_err_0_n10”的pdb文件并且在变成单核运行之后 md.log就不更新了我改变了不同的cut off截断值都出现了这个问题

md.log在更新前最后的内容

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih.  Improper Dih.       LJ-14
1.76033e+03 5.52819e+03 7.32252e+03 2.85721e+02 2.35875e+03
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR)    Potential
3.68309e+04 2.77673e+05 -4.90471e+03 -2.16483e+06 -1.83798e+06

Atom distribution over 48 domains: av 2866 stddev 84 min 2721 max 3104
         Step          Time
      2243000    4486.00000

Energies (kJ/mol)
         Bond       Angle Proper Dih.  Improper Dih.       LJ-14
1.85992e+03 5.42091e+03 7.19362e+03 2.72773e+02 2.31638e+03
   Coulomb-14       LJ (SR)  Disper. corr. Coulomb (SR)    Potential
3.69850e+04 2.75634e+05 -4.91570e+03 -2.15906e+06 -1.83430e+06

Atom distribution over 48 domains: av 2866 stddev 83 min 2710 max 3068
         Step          Time
      2244000    4488.00000

Not all bonded interactions have been properly assigned to the domain decomposition cells
A list of missing interactions:
            Bond of 1300 missing    1
            Angle of 4552 missing    4
      Proper Dih. of 7864 missing    15
            LJ-14 of 6480 missing    6

出现这个报错之后后台gmx依然在运行只不过是单核在跑

请教一下各位这可能是什么情况谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-12 11:51
看起来和域分解有关系。不让程序用thread-mpi并行试试，即使用-nt 20 -ntomp 20

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-12 22:49

sobereva 发表于 2020-3-12 11:51
看起来和域分解有关系。不让程序用thread-mpi并行试试，即使用-nt 20 -ntomp 20

谢谢社长

作者
Author: coldorange 时间: 2022-5-16 15:48

土拔鼠发表于 2020-3-12 22:49
谢谢社长

你好请问你的问题解决了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-30 06:51

coldorange 发表于 2022-5-16 15:48
你好请问你的问题解决了吗？

http://bbs.keinsci.com/thread-30011-1-1.html

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