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标题: Gaussian通过external调用外部程序做结构优化的一个缺陷 [打印本页]

作者
Author: beefly 时间: 2020-3-13 22:09
标题: Gaussian通过external调用外部程序做结构优化的一个缺陷
本帖最后由 beefly 于 2020-3-13 22:21 编辑

Gaussian通过external调用外部程序做优化结构时，可能作者主要测试的是MM程序，目标是算大体系，为了避免昂贵的直角坐标梯度-->内坐标梯度转化过程（需要矩阵对角化），于是内部绑定了opt(cartesian)，导致结构收敛很慢。比如调用CFour优化水分子（http://bbs.keinsci.com/thread-16375-1-1.html），要比直接用CFour多走一倍的步数。如果调用ORCA（http://bbs.keinsci.com/thread-10141-1-1.html），并且开了rijcosx特效，由于该方法梯度的数值噪声较大，破坏了平移不变的性质，可能会导致连opt(loose)都收敛不了。

改进的方法是用Z矩阵坐标输入，并且设定opt(z-mat)。理论上用冗余内坐标优化的效果更好，但是会被external强行改回默认设置。不过external的这个设定对oniom计算无效，默认仍然用冗余内坐标优化。

刚刚测试了三聚体的优化，包含12个原子，其中有三对原子之间存在弱相互作用。orca计算级别是ri-scs-mp2/def2-tzvpp。rijcosx导致结构震荡，没有加。初始结构已经用molpro在ri-scs-mp2/aug-cc-pvdz级别优化过。

默认的直角坐标优化，300步仍未结束，但是能量一直在降低，表现在小数点后3-6位有变化
改用Z矩阵优化后，第三步能量突然升高了0.002 au，但是从第四步开始，能量就比上一个计算300步的能量还低了

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-19 15:57
用external关键词调用外部程序优化的时候，写opt=gdiis会使用冗余内坐标优化嘛？正常情况下opt(gdiis,cartesian)的时候cartesian是没用的，依旧会用冗余内坐标优化，不知道写了调用外部程序的时候会怎么样。

作者
Author: lanthanum 时间: 2021-4-3 23:08
本帖最后由 lanthanum 于 2021-4-5 00:07 编辑

在运行原始的test0726.gjf文件时，通过extuffex.bat脚本调用了高斯内置的uff分子力学方法，顺利执行成功。现在将关键词改成#p opt=nomicro nosymm external="C:\g16w\mm.exe -uff -force -external" ，
希望调用高斯工具包中的mm.exe utility实现同样功能，未能执行。输出文件见附件。
请问老师：
（1）如何写关键词，才能执行？
（2）mm.exe utility的输入和输出文件格式是什么？若用-external参数后，输入和输出文件的格式有什么变化？
谢谢。

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