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标题: 过渡金属的轨道分析 [打印本页]

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ter20    时间: 2015-8-28 16:30
标题: 过渡金属的轨道分析
求助,请问如图所示的过渡金属配合物的HOMO(α)轨道,可以认为是金属Ru和配体CO和Cp*的成键轨道吗?其中Ru-桥基CO的成键比较明显,而Ru-端基CO和Ru-Cp*的成键只有在减小isovalue至0.02左右才出现正向重叠,尤其是Ru-Cp*的轨道重叠很奇怪,附件里是轨道的cube文件,求大家指导,第一次做过渡金属配合物的计算,不是很确定。



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sobereva    时间: 2015-8-28 21:13
Ru-Cp*肯定算不上成键,反倒更像是反键轨道
更客观的判断是用Multiwfn做Mulliken键级分析,可以分解成轨道的贡献,明显正值和明显负值分别代表成键和反键贡献
作者
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ter20    时间: 2015-8-29 10:24
本帖最后由 ter20 于 2015-8-29 22:47 编辑

OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况就是找到HOMO(α)对应的Orbital contribution的正负情况对吧
作者
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yjcmwgk    时间: 2015-8-31 15:12
本帖最后由 yjcmwgk 于 2015-8-31 15:13 编辑
ter20 发表于 2015-8-29 10:24
OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况 ...

你这几乎就是纯粹的反键轨道啊
给你看个典型的过渡金属 - 配体成键三个典型的成键轨道

一个不太典型的反键轨道(还有点儿非键轨道的意思)
(, 下载次数 Times of downloads: 92)



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sobereva    时间: 2015-8-31 17:41
ter20 发表于 2015-8-29 10:24
OK,明白了,做了Decompose Mulliken bond order between two atoms to orbital contributions,我这种情况 ...


作者
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ter20    时间: 2015-9-1 10:02
yjcmwgk 发表于 2015-8-31 15:12
你这几乎就是纯粹的反键轨道啊
给你看个典型的过渡金属 - 配体成键三个典型的成键轨道

你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧
作者
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yjcmwgk    时间: 2015-9-1 14:57
ter20 发表于 2015-9-1 10:02
你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧

看上去很像C和Ru成键了!
(你肯定用了ECP基组,却用fchk或wfn作了AIM分析,我猜的对吗)
AIM不能看到谁是成键轨道,只能看到谁和谁成键了
作者
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sobereva    时间: 2015-9-1 18:59
ter20 发表于 2015-9-1 10:02
你好,我也用Multiwfn做了Topology分析,结果如图,看起来至少Ru-CO是成键轨道,应该没错吧


轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法,你算算mayer键级就知道是否成键了。当前的情况应当是成键的。
至于AIM分析,并不代表有键径就一定有化学键,只能说化学键总伴随着键径。你的图算是成键的证据之一,但建议结合Mayer键级讨论。

作者
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ter20    时间: 2015-9-1 21:02
yjcmwgk 发表于 2015-9-1 14:57
看上去很像C和Ru成键了!
(你肯定用了ECP基组,却用fchk或wfn作了AIM分析,我猜的对吗)
AIM不能看到 ...

我就是按你的说法做的,用了ECP基组,然后用fchk做了multiwfn的topology分析
对AIM分析理解不深,这下明白了,以后要多看看相关文献,多谢啦!
作者
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ter20    时间: 2015-9-1 21:02
sobereva 发表于 2015-9-1 18:59
轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法 ...

Got it! 还是加上Mayer键级分析比较有说服力
作者
Author:
sobereva    时间: 2015-9-1 21:22
ter20 发表于 2015-9-1 21:02
我就是按你的说法做的,用了ECP基组,然后用fchk做了multiwfn的topology分析
对AIM分析理解不深,这下明 ...

用.wfx文件可以保证键径一直能连到原子核位置,详见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
作者
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ter20    时间: 2015-9-1 22:56
本帖最后由 ter20 于 2015-9-1 22:58 编辑
sobereva 发表于 2015-9-1 21:22
用.wfx文件可以保证键径一直能连到原子核位置,详见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva. ...

马上学习之PS: 感慨Sob知识如此浩瀚,无论巨细,都了解得很透彻,对比自己的肤浅,深感汗颜


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zidu113    时间: 2015-9-17 21:52
sobereva 发表于 2015-9-1 18:59
轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。
最简单的方法 ...

“轨道的描述有很强的任意性,我也不鼓励通过MO来考察。成不成键问题是所有轨道的总效果。”  
佩服。




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