计算化学公社

标题: 如何考察一个分子结构中两个片段之间的pai轨道重叠程度？ [打印本页]

作者
Author: XZDZ 时间: 2020-3-14 09:49
标题: 如何考察一个分子结构中两个片段之间的pai轨道重叠程度？
老师您好，我想要考察一个分子结构中两个片段之间的pai轨道重叠程度，看了sob老师的博文：分子间轨道重叠的图形显示和计算。对于要考察的两个片段的轨道编号，我应该如何选择呢？是用Multiwfn分别取看这两个片段的HOMO轨道或者LUMO轨道？麻烦老师指点指点，谢谢。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-14 10:00
考察对分子间（或分子片段间）相互作用贡献大的轨道，不一定是HOMO，LUMO（而且“一个分子结构中两个片段（各自的）HOMO/LUMO”似乎定义也不明确）

作者
Author: XZDZ 时间: 2020-3-14 11:08

liyuanhe211 发表于 2020-3-14 10:00
考察对分子间（或分子片段间）相互作用贡献大的轨道，不一定是HOMO，LUMO（而且“一个分子结构中两个片段（ ...

我想要考察pai轨道的重叠情况的话，是不是可以先用Multiwfn分别查看这两个片段的轨道，然后选出他们的Pai轨道，然后再根据前面说的sob老师的那篇博文来操作，这样得出的结果是否可靠呢？

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2020-3-14 11:32

XZDZ 发表于 2020-3-14 11:08
我想要考察pai轨道的重叠情况的话，是不是可以先用Multiwfn分别查看这两个片段的轨道，然后选出他们的Pai ...

计算重叠积分行不行

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-14 19:00
是pi不是pai

如果两个片段是在同一个分子里的，没法说每个片段的HOMO、LUMO，因为这是对整体而言的
看不到你的具体结构我不好说。但一个可能可行的做法是做轨道定域化（参看http://sobereva.com/380），把对应两个片段的pi轨道的定域化轨道序号找出来，然后用Multiwfn手册主功能100的子功能11计算两个片段间每一对定域化分子轨道的模的重叠积分，然后加和。

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出帖子具体内容（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“新手求助：关于分子轨道计算”改了，以后务必注意。

作者
Author: XZDZ 时间: 2020-3-15 06:41

alonewolfyang 发表于 2020-3-14 11:32
计算重叠积分行不行

就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分？那两个片段的轨道怎么选择呢？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-15 09:08

XZDZ 发表于 2020-3-15 06:41
就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分？那两个片段的轨道怎么选择呢？

这种问题没法对着文字空谈的，效率很低。不如直接给出具体问题。

作者
Author: XZDZ 时间: 2020-3-15 09:19

sobereva 发表于 2020-3-14 19:00
是pi不是pai

如果两个片段是在同一个分子里的，没法说每个片段的HOMO、LUMO，因为这是对整体而言的

谢谢老师。
我的结构是这样的一个复合物（是TS走IRC，走得很长之后，产物端的一个复合物），想要考察的片段是HOCHO和CH2OO这两个片段。 (, 下载次数 Times of downloads: 60)

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2020-3-15 17:22
本帖最后由 alonewolfyang 于 2020-3-15 17:26 编辑

XZDZ 发表于 2020-3-15 06:41
就是按照上面那篇博文里的方法求重叠积分？那两个片段的轨道怎么选择呢？

是的，按照Sob老师的做法最简单，当然也可以自己写个小程序计算

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 13:23

XZDZ 发表于 2020-3-15 09:19
谢谢老师。
我的结构是这样的一个复合物（是TS走IRC，走得很长之后，产物端的一个复合物），想要考察的 ...

这根本看不出有什么pi-pi作用，没必要从这个角度讨论，讨论也讨论不出什么

作者
Author: 吕安琪 时间: 2021-5-5 18:02

alonewolfyang 发表于 2020-3-14 11:32
计算重叠积分行不行

请问同一个分子中两个片段间轨道重叠积分怎么计算

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-18 03:12

吕安琪发表于 2021-5-5 18:02
请问同一个分子中两个片段间轨道重叠积分怎么计算

Multiwfn的CDA功能里直接就给你片段轨道间的重叠积分

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166

作者
Author: dqyDTT 时间: 2024-1-5 17:44

sobereva 发表于 2021-5-18 03:12
Multiwfn的CDA功能里直接就给你片段轨道间的重叠积分

使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互 ...

老师好，请问同一个分子中两个片段间轨道电子转移积分怎么计算呢？CDA功能有净转移多少电子，这个可以代替表征转移积分吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-1-6 17:54

dqyDTT 发表于 2024-1-5 17:44
老师好，请问同一个分子中两个片段间轨道电子转移积分怎么计算呢？CDA功能有净转移多少电子，这个可以代 ...

跟CDA毫无关系
本论坛里之前不止一个人分享过基于Gaussian算的分子轨道算转移积分的程序，首页google框搜
情况适当的时候，把整个分子拆成两个片段，分别计算得到片段轨道再算转移积分

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