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标题: 未对分子添加位置限制，模拟过程中，分子不能在盒子内运动，如何解决？ [打印本页]

作者
Author: Alan123 时间: 2020-3-14 17:29
标题: 未对分子添加位置限制，模拟过程中，分子不能在盒子内运动，如何解决？
老师，我在模拟笼状分子对于水分子的包裹作用，使用acpype产生笼状分子的top结构，使用RESP.sh脚本计算了resp静电势，手动在笼状分子内部添加了两个水分子，然后使用GMX进行分子动力学模拟，该模拟系统的盒子很大，且系统中只有一个笼状分子，但是在最后产生的轨迹文件中，我发现模拟的分子只是在原地进行运动，并没有在整个盒子内进行运动，请问这个情况应该如何处理呢？谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 30)
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作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-14 18:37
默认是comm-mode=linear消除整体平动，显然不会动
而且模拟这个问题本来也没有任何必要需要让体系在盒子里动
另外，这种问题完全没必要在周期性条件下模拟

作者
Author: Alan123 时间: 2020-3-14 19:52

sobereva 发表于 2020-3-14 18:37
默认是comm-mode=linear消除整体平动，显然不会动
而且模拟这个问题本来也没有任何必要需要让体系在盒子里 ...

嗯嗯，谢谢老师，我还有一个问题，就是我想探究水分子会不会离开这个分子笼，如果不让体系在盒子中运动，那么最后的结果能说明该笼状分子对于水分子具有封闭的作用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-14 20:44

Alan123 发表于 2020-3-14 19:52
嗯嗯，谢谢老师，我还有一个问题，就是我想探究水分子会不会离开这个分子笼，如果不让体系在盒子中运动， ...

研究分子笼和盒子完全没有丝毫关系。你只需要关注你研究的分子，完全不用管盒子。

作者
Author: Alan123 时间: 2020-3-14 21:55

sobereva 发表于 2020-3-14 20:44
研究分子笼和盒子完全没有丝毫关系。你只需要关注你研究的分子，完全不用管盒子。

嗯嗯好的，了解了，谢谢老师

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