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标题: 求助表面活性剂体系跑乱了 [打印本页]

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-15 11:50
标题: 求助表面活性剂体系跑乱了
社长，我用packmol仿着教程写了一个表面活性剂的体系，是图片一那种，但是我跑了15ns以后，整个体系都混到一起了（图片二），请问社长这是怎么回事？
itp,都是用acpype做出来的，力场用的是oplsaa。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-16 11:24
acpype主要是做GAFF力场的小分子拓扑文件，它给出来的oplsaa的只是实验性质的。不要用oplsaa的

作者
Author: 明园 时间: 2020-3-17 21:20

sobereva 发表于 2020-3-16 11:24
acpype主要是做GAFF力场的小分子拓扑文件，它给出来的oplsaa的只是实验性质的。不要用oplsaa的

好的谢谢社长，后来我改了改，用的ATB下载文件，用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了，这怎么办啊社长，是需要都加上限制吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-19 22:26

明园发表于 2020-3-17 21:20
好的谢谢社长，后来我改了改，用的ATB下载文件，用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了，这怎 ...

不用设限制。
也许是mdp里的设置可能不太合适。

这个例子用的就是ATB上的正辛醇，你可以先尝试重复下
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作者
Author: 明园 时间: 2020-3-19 22:31

sobereva 发表于 2020-3-19 22:26
不用设限制。
也许是mdp里的设置可能不太合适。

好的谢谢社长。

作者
Author: 呀芽芽 时间: 2023-7-27 15:22

明园发表于 2020-3-17 21:20
好的谢谢社长，后来我改了改，用的ATB下载文件，用的是gromos54A7,但是在npt平衡体系时就全都混了，这怎 ...

你好，我想请教一下，你用ATB和联合原子力场的话，前面是不是得用GAMESS优化，想请教一下你是怎么优化的，不太会用GAMESS这个软件，在网上也没搜到相关教程。我也是做表面活性剂，因为不会用GAMESS，我就用了Gaussian优化，然后用acpype得到拓扑文件，用的GAFF全原子力场，但是不知道为啥，我能量最小化的时候一直报错，说是原子重叠，我怎么改都还是报这个错。想跟你请教一下怎么用GAMESS优化。

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