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标题: 请教二维伞形采样中如何恰当选择窗口 [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-15 15:45
标题: 请教二维伞形采样中如何恰当选择窗口
我在做一个酶体系的二维伞形采样，经过初步的MD模拟，包括一些SMD和一维US，选了两个CV，这两个CV有很强的关联性（见下图小黑点）。
体系的自由能在CV1上变化较大，在CV2上变化较小，CV1必须从-2.4采样到2.4。

我的疑问是：
(1) 做2D US的时候，窗口可以仅选择如图所示的青色区域吗？还是说必须覆盖(-2.4, -3)到(2.4, 3)的整个大矩形区域？（如果选择整个大矩形区域，不仅工作量大，而且体系在左上区域和右下区域很不稳定，模拟常常很快崩溃或者发生了其他构象变化，达不到采样的目的。）
(2) 假如选择青色区域，左下和右上的狭长区域CV2能否只用一个窗口？比如左下区域CV2=-3，右上区域CV2=3。

先行谢过

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作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-16 11:25
求各位老师指教 @fhh2626 @k64_cc @hdmd @sobereva

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-17 01:04
可以只做你感兴趣的区域
如果体系有周期性的话做全在一定程度上有益没有周期性的话意义不大但要注意一定不能让边界出现任何的低自由能区域最好可以显示你的采样区域是一个封闭的盆地

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-17 02:14
本帖最后由霜晨月于 2020-3-17 02:15 编辑

wuzhiyi 发表于 2020-3-17 01:04
可以只做你感兴趣的区域
如果体系有周期性的话做全在一定程度上有益没有周期性的话意义不大但要注意 ...

多谢！
体系有周期性，您指的是CV有周期性（比如angle，torsion）？我的两个CV都是距离的线性组合，没有周期性。
我的体系是蛋白-水体系，用了周期性边界条件（PBC），但您这里说的周期性应该不是这个意思吧？

我理解您说的采样区域应该是一个封闭的盆地，我根据预跑的MD判断应该是这样。如果届时basin出现了开口，就再增加采样窗口。

Thanks！

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-17 17:54
这应该就没有问题
周期性只指torsion，angle不能算有周期性。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-17 19:50

wuzhiyi 发表于 2020-3-17 17:54
这应该就没有问题
周期性只指torsion，angle不能算有周期性。

谢谢，明白您的意思了

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-3-17 22:22
（1）可以
（2）其实也可以，但是要在两个维度分别设置合适的力常数，保证你说的那个区域的所有bin中都能有充足的采样

总的来说多维自由能计算不推荐US，推荐eABF或者WT-metadynamics

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-18 01:18

fhh2626 发表于 2020-3-17 22:22
（1）可以
（2）其实也可以，但是要在两个维度分别设置合适的力常数，保证你说的那个区域的所有bin中都能 ...

嗯，谢谢付博士

我从前尝试过另一个蛋白体系的2D well-tempered metadynamics，总感觉收敛性是个问题，所以这次没有采用。eABF还没试过。

作者
Author: fhh2626 时间: 2020-3-18 11:49

霜晨月发表于 2020-3-18 01:18
嗯，谢谢付博士

我从前尝试过另一个蛋白体系的2D well-tempered metadynamics，总感觉收敛性是个问题 ...

WT-MtD都不收敛的话一般是反应坐标选择的问题了，你要看看你的轨迹上是不是在其他自由度上有没预期到的变化，可以施加一些几何约束

作者
Author: 霜晨月 时间: 2020-3-19 03:51
本帖最后由霜晨月于 2020-3-19 03:54 编辑

fhh2626 发表于 2020-3-18 11:49
WT-MtD都不收敛的话一般是反应坐标选择的问题了，你要看看你的轨迹上是不是在其他自由度上有没预期到的变 ...

我也考虑过施加约束，但施加约束不是会改变自由能面吗？
如果把这个约束的影响也考虑进去，那么等于是又增加了一个CV，二维采样变三维了

作者
Author: jimy10.26.45.3 时间: 2020-8-12 12:17
请问你是在用plumed进行伞状采样吗，我也准备做，不知道如何实现伞状采样

作者
Author: Yancherry 时间: 2022-2-23 16:14
您好！我在学习用plumed做二维自由能，但是有些还是看不明白，想向您请教一下！我看教程里都是求两组原子的距离作为CV，但是如果想让原子从盒子的一端移动到另一端，该用原子和什么的距离作为CV呢？是要设置一个虚拟原子，将其放在盒子的另一端，将原子和虚拟原子间的距离作为CV吗？还是应该怎么设置呢请问？

作者
Author: 霜晨月 时间: 2022-2-28 19:31

Yancherry 发表于 2022-2-23 16:14
您好！我在学习用plumed做二维自由能，但是有些还是看不明白，想向您请教一下！我看教程里都是求两组原子 ...

我没做过这种，是否可以用该原子的X坐标（或YZ坐标）作为CV？但我不知道程序能否实现

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