计算化学公社

标题: 求助在用高斯扫描hindered rotor时的几个问题 [打印本页]

作者
Author: pet 时间: 2020-3-16 12:00
标题: 求助在用高斯扫描hindered rotor时的几个问题
本帖最后由 pet 于 2020-3-16 12:01 编辑

1. 用了高斯关键词freq=hindered rotor，发现结果只有甲基的转动，而且symmetry判断为1，这个关键词主要是在什么情况下用呢？
2. 我在计算反应速率常数时，该对哪些转子做受阻转子处理？是所有的转动，还是低频转动，有一些耦合转动怎么办呢？因为体系比较大，扫描二维转子会很费时。
3. 计算速率常数给出的阻尼势曲线，是可以直接用scan命令扫描二面角得到，还是手动调10度，20度，等等逐一优化。因为有一些时候，转动某些二面角到某个角度，其他基团例如OH朝向会改变，在继续往下扫，他也不会回到原来的朝向，这样不会导致按照顺时针和逆时针方向扫出来的曲线不一样吗？
4. 扫描过渡态的转子时，需要将过渡态区域冻结吗？
5. 加hindered rotor之后对速率常数的影响有一般规律吗？我opt freq是在M062X/def2tzvp级别做的，但是 hindered rotor扫描是在M062X/def2svp级别做的，这样得到的结果可信度高吗？

感谢老师的回答！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 12:43
1、2 程序自动判断需要作为受阻转子考虑的地方。甲基旋转势垒很低，显然是被当做受阻转子考虑的。而估计出的旋转势垒较高的就不会被当做受阻转子考虑。如果你想黑箱式考虑受阻转子问题，就用这个关键词。

还有其它考虑方法，比如MStor等等（Truhlar组的），见相关文章。

3 柔性扫描有“滞后性”，这是正常现象

4 需要

5 除非真是算不动，否则别切换基组。要么干脆opt freq也降到def2-SVP。原理上来说，势能面扫描研究的是能量，比opt freq对基组明显更敏感，反倒用更小基组明显说不通。或者在def2-SVP下做柔性扫描，之后再用def2-TZVP对扫出来的每个点再算单点也可以。

作者
Author: pet 时间: 2020-3-17 13:50

sobereva 发表于 2020-3-17 12:43
1、2 程序自动判断需要作为受阻转子考虑的地方。甲基旋转势垒很低，显然是被当做受阻转子考虑的。而估计出 ...

十分感谢老师的回答，请问老师第一点中所提到的黑箱式考虑受阻转子问题是什么意思呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 14:18

pet 发表于 2020-3-17 13:50
十分感谢老师的回答，请问老师第一点中所提到的黑箱式考虑受阻转子问题是什么意思呢？

就是全自动化、傻瓜化

作者
Author: 开心の土豆雷 时间: 2022-4-17 13:38
您好，我也正在使用freq=hinderedrotor对几个过渡态结构进行受阻转子扫描。
请问这个对过渡态区域进行冻结的说法具体是指什么呢？过渡态区域是怎么样定义的？冻结某个原子还是冻结键长？
希望您能不吝赐教。

作者
Author: motorL 时间: 2024-3-6 16:53

开心の土豆雷发表于 2022-4-17 13:38
您好，我也正在使用freq=hinderedrotor对几个过渡态结构进行受阻转子扫描。
请问这个对过渡态区域进行冻结 ...

兄弟，请问您解决这个问题了吗。

作者
Author: 开心の土豆雷 时间: 2024-3-12 15:09

motorL 发表于 2024-3-6 16:53
兄弟，请问您解决这个问题了吗。

没有解决

作者
Author: motorL 时间: 2024-3-13 11:12

开心の土豆雷发表于 2024-3-12 15:09
没有解决

好的，我最近也遇到这个问题，老是报错，显示扭转自由度有问题。

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