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标题: 体系里有阴离子反应、中性分子反应，弥散是都要加上吗？ [打印本页]

作者
Author: wwp 时间: 2020-3-16 16:30
标题: 体系里有阴离子反应、中性分子反应，弥散是都要加上吗？
各位老师，我想请问一下在一整个反应过程中，有的反应是有阴离子参与，有的反应就都是中性分子反应，那所有反应需要都加上弥散函数吗？是可以选择有阴离子的加，没有阴离子的不加？

谢谢各位老师。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-16 16:48
同一条反应路径里计算精度必须保持精度一致，比如你给过渡态加了弥散，那么反应物和过渡态也要加弥散。算的动或者懒就全加弥撒，如6-31G(d,p)换成6-31+G(d,p)省事。算不动或者想算得经济一些，只需给涉及阴离子的原子加即可，例如羧酸根离子的两个氧，需使用混合/自定义基组。

当然，一般的有机反应，有时候有阴离子、有时候没有，你不加弥散别人也不会说什么，毕竟只是个结构优化而已。算高精度单点时可以考虑加弥散。

作者
Author: wwp 时间: 2020-3-16 17:18
本帖最后由 wwp 于 2020-3-16 17:53 编辑

zjxitcc 发表于 2020-3-16 16:48
同一条反应路径里计算精度必须保持精度一致，比如你给过渡态加了弥散，那么反应物和过渡态也要加弥散。算的 ...

嗯好的，谢谢老师
那老师，那我可以用b3lyp/6-31+G**优化带阴离子的体系，用b3lyp/6-31G**优化不带阴离子的体系吗？在一整个反应路线中。
谢谢老师了。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-17 00:22
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-17 00:24 编辑

wwp 发表于 2020-3-16 17:18
嗯好的，谢谢老师
那老师，那我可以用b3lyp/6-31+G**优化带阴离子的体系，用b3lyp/6-31G**优化不带阴离 ...

不可以，都说了精度要保持一致。

我上面说的“只需给涉及阴离子的原子加即可”不是你这么理解的。举例：羧酸根，假设在反应物里是COO-，在产物里是COOH，那么反应物、过渡态和产物你要么全给氧加弥散，要么全不加。不是指你可以反应物加弥散、产物不加弥散。

作者
Author: wwp 时间: 2020-3-17 07:14

zjxitcc 发表于 2020-3-17 00:22
不可以，都说了精度要保持一致。

我上面说的“只需给涉及阴离子的原子加即可”不是你这么理解的。举例 ...

好的,谢谢老师.

作者
Author: 化小白 时间: 2021-9-12 20:22
您好，我想问一下，您的阴离子反应需要在溶剂模型下计算高精度单点能吗？如果需要的话，可以直接使用SMD溶剂模型计算吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-29 16:47

化小白发表于 2021-9-12 20:22
您好，我想问一下，您的阴离子反应需要在溶剂模型下计算高精度单点能吗？如果需要的话，可以直接使用SMD溶 ...

显然需要
可以用uESE算溶解自由能，加到高精度量化算的气相自由能上。仔细看
比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用
http://sobereva.com/593（http://bbs.keinsci.com/thread-22879-1-1.html）
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

作者
Author: Qing 时间: 2022-6-16 18:43

zjxitcc 发表于 2020-3-17 00:22
不可以，都说了精度要保持一致。

我上面说的“只需给涉及阴离子的原子加即可”不是你这么理解的。举例 ...

老师，请问一下如果我的反应中基本都是中性物质和阳离子，只有一个阴离子（碳酸根或氢氧根），计算单点能的过程中可以不加弥散函数吗？对计算反应自由能精度的影响可以接受吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-6-16 18:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2024-3-5 14:03 编辑

Qing 发表于 2022-6-16 18:43
老师，请问一下如果我的反应中基本都是中性物质和阳离子，只有一个阴离子（碳酸根或氢氧根），计算单点能 ...

要加（只给阴离子加，比较划算）。如果你已经算完了，又想省时间/偷懒，可以找个决速步，加/不加弥散基函数都算一下单点，对比一下，若能垒差别很小，说明不需要加，展示此数据给别人/审稿人看（注意，前提是“已经算完了”，如果你还没开始做计算，建议不要偷懒）。

作者
Author: Qing 时间: 2022-6-16 19:27

zjxitcc 发表于 2022-6-16 18:49
要加（只给阴离子加，比较划算）。如果你已经算完了，又想省时间/偷懒，可以找个决速步，加/不加弥散基函 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: Qing 时间: 2022-6-21 13:44

zjxitcc 发表于 2022-6-16 18:49
要加（只给阴离子加，比较划算）。如果你已经算完了，又想省时间/偷懒，可以找个决速步，加/不加弥散基函 ...

老师，还是之前的那个问题，我现在采用的做法是原有的中性分子和阳离子仍然采用原先没有使用弥散函数的单点能数据，对于反应物中的阴离子（氢氧根中的氧原子），以及涉及到该阴离子的产物（水分子中的氧原子），添加弥散函数，请问老师这样的话计算是否合理呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-6-21 16:22

Qing 发表于 2022-6-21 06:44
老师，还是之前的那个问题，我现在采用的做法是原有的中性分子和阳离子仍然采用原先没有使用弥散函数的单 ...

一般情况下可以。例外情况是如果这样做会导致破坏体系对称性的话，最好在其他原子上也加一些弥散函数来恢复体系对称性。例如反应 HOCH2CH2Cl + OH- -> HOCH2CH2OH + Cl-，如果只给OH-以及对应的产物氧原子加弥散的话，会破坏HOCH2CH2OH的对称性，算后续反应就会发现两个羟基是不等价的。此时就需要给两个氧都加弥散。

作者
Author: Qing 时间: 2022-6-21 16:32

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:22
一般情况下可以。例外情况是如果这样做会导致破坏体系对称性的话，最好在其他原子上也加一些弥散函数来恢 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: RAL 时间: 2022-6-21 17:24

Qing 发表于 2022-6-21 16:32
好的，谢谢老师！

如果算单点能用的Pople基组，注意5d/6d

作者
Author: 一条君 时间: 2022-8-3 23:27
本帖最后由一条君于 2022-8-3 23:33 编辑

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:22
一般情况下可以。例外情况是如果这样做会导致破坏体系对称性的话，最好在其他原子上也加一些弥散函数来恢 ...

楼主情况是能量计算中，中性分子和阳离子不加弥散，阴离子加弥散
请问老师，怎么给别人解释这样看似有其他变量的处理呢，（只说http://sobereva.com/119中，阴离子能量需要加，而中性会导致问题所以不加，感觉不能说服；还是告诉别人同一级别可以这样），谢谢老师

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-8-4 00:07

一条君发表于 2022-8-3 16:27
楼主情况是能量计算中，中性分子和阳离子不加弥散，阴离子加弥散
请问老师，怎么给别人解释这样看似有其 ...

最简单的办法，挑一个有代表性的反应，把中性分子和阳离子加上弥散重新算一遍。如果遇到基组线性相关问题，而且改变基组线性相关判断阈值无法解决，就证明弥散函数确实不能加；如果计算成功，但是结果和不加弥散函数区别不大，就证明弥散函数虽然可以加但也可以不加，所以你不加是对的。

作者
Author: 火星哥 时间: 2022-10-20 09:47

zjxitcc 发表于 2020-3-17 00:22
不可以，都说了精度要保持一致。

我上面说的“只需给涉及阴离子的原子加即可”不是你这么理解的。举例 ...

老师您好，请问我的工作中都是分子之间的分子，但是在使用马库斯理论计算OSET能垒中存在所谓的阴离子，我可以给涉及OSET计算的分子和阴离子加弥散吗？也就是OSET能垒的计算中单独加弥散，其他的都不变。如果可以该如何在Si中解释

作者
Author: xxtnenu 时间: 2024-3-5 13:58

zjxitcc 发表于 2022-6-16 18:49
要加（只给阴离子加，比较划算）。如果你已经算完了，又想省时间/偷懒，可以找个决速步，加/不加弥散基函 ...

请问老师，正常做法是不是阴离子和涉及到该阴离子的产物或过渡态都加弥散？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2024-3-5 14:01

xxtnenu 发表于 2024-3-5 13:58
请问老师，正常做法是不是阴离子和涉及到该阴离子的产物或过渡态都加弥散？

是。简单地说，比如反应物中5-7号原子加了弥散函数，那所有物种里的5-7号原子都要加弥散函数（如果这个物种含有5-7号原子的话）

作者
Author: xxtnenu 时间: 2024-3-5 14:10

zjxitcc 发表于 2024-3-5 14:01
是。简单地说，比如反应物中5-7号原子加了弥散函数，那所有物种里的5-7号原子都要加弥散函数（如果这个物 ...

明白了，谢谢老师

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