计算化学公社

标题: 求教力场文件编辑。程序提示缺少LJ-14的types [打印本页]

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-3-16 22:49
标题: 求教力场文件编辑。程序提示缺少LJ-14的types
采用gromos53a6.ff力场，已经把atomtypes的信息加入到ffnonbonded.itp中了。能量最小化时，提示说缺少LJ-14的types，是itp文件出了问题，但不知道怎么处理。
top文件是用在线的Acpype生成的，之前用GAFF力场的时候，都没有error。希望大家指教一下。

作者
Author: wuzhiyi 时间: 2020-3-17 01:01
mixing rule射了没有在default里面
atomtypes里的LJ那块贴出来看看

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-3-17 11:19

wuzhiyi 发表于 2020-3-17 01:01
mixing rule射了没有在default里面
atomtypes里的LJ那块贴出来看看

看了下itp文件，LJ那块确实缺失了，谢谢

作者
Author: Das 时间: 2020-3-23 15:59

xjp1127721434 发表于 2020-3-17 11:19
看了下itp文件，LJ那块确实缺失了，谢谢

我也遇到了类似的问题，请问可以说一下具体解决方法吗？

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2020-4-4 16:10

Das 发表于 2020-3-23 15:59
我也遇到了类似的问题，请问可以说一下具体解决方法吗？

要用ATB生成top文件和itp文件，才是gromos力场的

作者
Author: Das 时间: 2020-4-26 13:20

xjp1127721434 发表于 2020-4-4 16:10
要用ATB生成top文件和itp文件，才是gromos力场的

您好，可以发一个可用的top和itp文件吗？我还是不太明白

作者
Author: juddtrump 时间: 2020-12-9 17:47
您好！请问具体怎么解决的？我用acpype生成的GMX.gro和GMX.top，进行gromacs计算也出现这种情况

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-12-10 13:01

Das 发表于 2020-4-26 13:20
您好，可以发一个可用的top和itp文件吗？我还是不太明白

http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html这里有ATB的用法，自己提交分子就可以了

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2020-12-10 13:05

juddtrump 发表于 2020-12-9 17:47
您好！请问具体怎么解决的？我用acpype生成的GMX.gro和GMX.top，进行gromacs计算也出现这种情况

acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

作者
Author: juddtrump 时间: 2020-12-11 20:10

Lacrimosa 发表于 2020-12-10 13:05
acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

您好！我用ambertool+acpype生成的多糖的GMX.gro和GMX.top不能混用，请问怎么应用gromacs计算多糖？请前辈指导一下

作者
Author: juddtrump 时间: 2020-12-15 08:52

Lacrimosa 发表于 2020-12-10 13:05
acpype生成的是GAFF力场，不能和gromos混用，可以参考这里http://bbs.keinsci.com/thread-19081-1-1.html

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