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标题: 为什么添加原子时出错No more replaceable solvent! [打印本页]

作者
Author: 黑色Jude 时间: 2020-3-17 11:07
标题: 为什么添加原子时出错No more replaceable solvent!
离子溶液中有773个水分子，我想把64个SOL分子替换成NA离子，但是提示没有可以替换的溶剂分子了，明明很空旷啊，为什么呢？

gmx genion -sions_64.tpr -o solv.gro -p topol.top -pname NA –neutral

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-17 12:11
原本水不够多，而替换的太多，按照genion的算法没法加更多。改用packmol就完了
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

作者
Author: Lida 时间: 2021-10-14 08:07

sobereva 发表于 2020-3-17 12:11
原本水不够多，而替换的太多，按照genion的算法没法加更多。改用packmol就完了
分子动力学初始结构构建程 ...

请问所以genion无法生成相对较高浓度的盐溶液吗？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-10-14 08:23

Lida 发表于 2021-10-14 08:07
请问所以genion无法生成相对较高浓度的盐溶液吗？谢谢。

对

作者
Author: 821533922 时间: 2023-4-27 11:49
我也遇到了，可以通过 -rmin 微调离子与非溶剂之间的最小距离，以减少位阻冲突。

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-20 14:35

821533922 发表于 2023-4-27 11:49
我也遇到了，可以通过 -rmin 微调离子与非溶剂之间的最小距离，以减少位阻冲突。

你好，具体怎么做的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-20 20:30

zwy123 发表于 2023-6-20 14:35
你好，具体怎么做的呢

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: zwy123 时间: 2023-6-20 21:46

sobereva 发表于 2023-6-20 20:30
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）ppt：

...

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