计算化学公社

标题: CP2K跑吸附体系的AIMD经常卡住和Pd的赝势求助 [打印本页]

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zhou9527    时间: 2020-3-17 11:27
标题: CP2K跑吸附体系的AIMD经常卡住和Pd的赝势求助
本人CP2K小白一枚,目前算的一个吸附体系的AIMD,采用的是PBE-D3;然后希望能够得到带边能级的随着时间演变的相关数据(Band edge level), 之前一直用VASP, 但是VASP跑AIMD比较吃力。所以才开始用CP2K,资料什么的也主要参考官网手册,所以在参数的设置方面难免会有诸多的问题,希望能得到大佬们的指教。目前的主要面临的问题如下:1、 在输出能级信息(可以理解成VBM CBM,因为我算的是周期性的体系)的时候,跑了几十几百次迭代后,经常卡在如图所示的这个位置,程序可以很轻易的输出占据态的信息(姑且称之HOMO吧),但是对于非占据态的计算(LUMO),就输出不了,然后就会一直卡在这儿,也不会有任何的报错信息。
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
2、Pb的赝势没有14电子的,不知道有没有大佬能分享下,感激不尽!!!
我用的是并行的cp2k.popt cp2k.psmp , 本来是编译的OMP版本的,具体参考https://blog.csdn.net/zh314js/article/details/76258705;编译过程的问题也很多,然后是在集群上用普通用户从头编译的,具体的话我也没有认真的记录,所以就不发表观点了,不过我用OMP并行的话一直提示“mpirun detected that one or more processes exited with non-zero status, thus causingthe job to be terminated. The first process to do so was” ;所以我就没有用OMP,后面采用的是intelmpi,也可以正常运行。当然目前的程序运行一段时间后程序也会报错,类似就是mpi FATAL ERROR 之类的,感觉就是崩盘了,编译什么的我也是不太懂,所以先不讨论这个编译器的问题了。言归正传,这里给大家分享一下我的Input,如果有不对的地方希望大家能够指正,谢谢!!


&MOTION
  &MD
    ENSEMBLE NVT
    STEPS 10000
    TIMESTEP 1   
    TEMPERATURE 300
    &THERMOSTAT
      REGION MASSIVE
      &NOSE #Uses the Nose-Hoover thermostat
        TIMECON 1000 #timeconstant of the thermostat chain, how often does thermostat adjust your system
    &END NOSE
   &END
  &END MD
  &GEO_OPT
    OPTIMIZER BFGS
    MAX_FORCE 2E-4
    MAX_ITER 500
  &END GEO_OPT
  &PRINT
    &TRAJECTORY
      &EACH
        MD 1
      &END EACH
    &END TRAJECTORY
    &VELOCITIES OFF
    &END VELOCITIES
    &FORCES OFF
    &END FORCES
    &RESTART_HISTORY
      &EACH
        MD 500
      &END EACH                                                                                                                    
    &END RESTART_HISTORY                              
    &RESTART
    BACKUP_COPIES 3               
      &EACH     
        MD 1                  
      &END EACH   
    &END RESTART      
  &END PRINT     
&END MOTION
  #STRESS_TENSOR  ANALYTICAL #CELL_OPT should be opened
&FORCE_EVAL  
  METHOD Quickstep
  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME ${data}/BASIS_MOLOPT
    POTENTIAL_FILE_NAME ${data}/GTH_POTENTIALS
    CHARGE 0
    MULTIPLICITY 1
    &MGRID
      CUTOFF 500
      NGRIDS 5
      REL_CUTOFF 50
    &END MGRID
    &QS
      EPS_DEFAULT 1.0E-6
      METHOD GPW
      EXTRAPOLATION ASPC
    &END QS
    &SCF
      MAX_SCF 30
      #SCF_GUESS RESTART
      SCF_GUESS ATOMIC
      EPS_SCF 1.0E-5
      CHOLESKY INVERSE_DBCSR ##
      &OUTER_SCF
        MAX_SCF 40
        EPS_SCF 1.0E-5
      &END
      &OT
        MINIMIZER DIIS
        PRECONDITIONER  FULL_SINGLE_INVERSE
        STEPSIZE 0.01
      &END OT
      &PRINT
        &RESTART OFF
        &END RESTART
      &END PRINT
    &END SCF
    &XC
      &XC_FUNCTIONAL PBE
      &END XC_FUNCTIONAL
        &VDW_POTENTIAL
          POTENTIAL_TYPE PAIR_POTENTIAL
          &PAIR_POTENTIAL
            PARAMETER_FILE_NAME ${data}/dftd3.dat   
            TYPE DFTD3
            REFERENCE_FUNCTIONAL PBE
            R_CUTOFF [angstrom] 16   
          &END PAIR_POTENTIAL
      &END VDW_POTENTIAL
    &END XC
    &PRINT
      &E_DENSITY_CUBE OFF
      &END E_DENSITY_CUBE
      &MO_CUBES
        NLUMO 4
        NHOMO 4
        WRITE_CUBE .FALSE.
        &EACH
          MD 10
        &END EACH
      &END MO_CUBES
    &END PRINT  
  &END DFT

  &SUBSYS
    &CELL
      ABC 17.37820 17.45740 50.00000
      PERIODIC XYZ
    &END CELL

    &TOPOLOGY
      COORD_FILE_FORMAT XYZ
      COORD_FILE_NAME configure.xyz
    &END

   &KIND C
      BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
      POTENTIAL GTH-PBE-q4
   &END KIND

   &KIND N
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q5
   &END KIND

   &KIND H
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q1
   &END KIND

   &KIND I      
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q7
   &END KIND

   &KIND Pb
     BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
     POTENTIAL GTH-PBE-q4
   &END KIND
  &END SUBSYS
&END





发表于 前天 12:23 | 只看该作者









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sobereva    时间: 2020-3-17 12:09
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素及具体内容(仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html),我已把你的不恰当标题“CP2K-AIMD”改了,以后务必注意
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zhou9527    时间: 2020-3-17 15:50
谢谢老师,感激,下次注意




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