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标题: 求助，QE入门参数设置问题 [打印本页]

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-18 19:59
标题: 求助，QE入门参数设置问题
我刚接触QE，想请教几个问题：
1，如果我想先优化材料，再做静态自恰计算，最后算能带，对应到EQ上是relax-scf-bands这个流程？
2，我有几个参数搞不太懂，当ibrav=0时，需要设置celldm(1)=1.8897261328856432，这是一个定值吗？那么后面怎么根据poscar中的数据再设置cell_parameters(alat=1.8897261328856432)里的参数呢？如果设置ibrav=14,只需要设置celldm(1)（2）（3）（4）（5）（6），不再设置cell_parameters是吗？有人说ibrav=0和14是两个万用的值，我不知道这句话对不对？
3，赝势库里的赝势很多，我想请教一下从哪（哪个网站）可以查到用哪个赝势合适。
我自己琢磨也看了很多东西，还是没搞明白，希望能得到指点一下，谢谢~

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-3-18 20:15
1、是，一般是relax->scf->bands这样。
2、（1）celldm(1)不一定要等于1.8897，这个值是用来换算Ang->Bohr单位，避免这种换算最简单的方法是用A、B、C、alpha、beta、gamma来代替。
（2）一般不容易使用poscar的格式，因为pwscf的部分原子的格式是元素符号+分数坐标，目前看下来比较方便的做法可能是用xtl或者castep的cell格式。
（3）一般最万用的应该还是ibrav=0结合A=1（此时只要设置A，A为比例因子），这样坐标和晶格基本上都能够直接拷贝。
3、QE支持不同类型赝势混合，一般情况PAW和超软性能要好一些（https://molmod.ugent.be/deltacodesdft#opennewwindow），其中PSLib和GBRV这两套还可以，另外JTH赝势其实可以用AtomPAW转换为QE格式。非要用模守恒的话建议ONCV-SG15或者Dojo。

作者
Author: 万里云 时间: 2020-3-18 21:00
本帖最后由万里云于 2020-3-20 10:18 编辑

1. 是的。

2. 设置ibrav = 0再搭配CELL_PARAMETERS，是为了能直接使用POSCAR中的晶格基矢。另外用ibrav = 0搭建超胞也比较方便。对于不需要搭超胞的块体，建议用相应的ibrav参数。

celldm(1)=1.8897261328856432中的这个参数，其实是从Angstrom转换为Bohr的系数。之所以这么写，是因为早期的XCrySDen有bug，不识别CELL_PARAMETERS {angstrom}，只能退而求其次，设置celldm(1)为Angstrom转换为Bohr的系数，再设置CELL_PARAMETERS {alat}，这样就能直接使用POSCAR里面的晶格基矢了。这只是XCrySDen不识别，QE自身还是能识别的。所以设置ibrav = 0，不设置任何celldm，搭配CELL_PARAMETERS {angstrom}完全没问题，也是最简单的设置方法。

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-19 12:50

卡开发发发表于 2020-3-18 20:15
1、是，一般是relax->scf->bands这样。
2、（1）celldm(1)不一定要等于1.8897，这个值是用来换算Ang->Bohr ...

收到，非常感谢您。我水平比较菜，还有几个疑点：
1：对于2（1）中“避免这种换算最简单的方法是用A、B、C、alpha、beta、gamma来代替”这句话，是指设置ibrav=o,然后输入celldm(1)=a,celldm(2)=b/a,celldm(3)=c/a,celldm(4)=alpha,celldm(5)=beta,celldm(6)=gamma，对吗？
2：如果1是对的，那后面cell_parameters是不是可以不设置，或者直接poscar里的晶格
打扰您了

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-19 12:59

万里云发表于 2020-3-18 21:00
1. 是的。

2. 设置ibrav = 0再搭配CELL_PARAMETERS，是为了能直接使用POSCAR中的晶格基矢；另外用ibrav ...

好的，谢谢您，之前就是看了您的一篇介绍qe的贴子进的这个论坛，发现您也是东大的，好巧

作者
Author: 卡开发发 时间: 2020-3-19 19:09

gaogaogao 发表于 2020-3-19 12:50
收到，非常感谢您。我水平比较菜，还有几个疑点：
1：对于2（1）中“避免这种换算最简单的方法是用A、B ...

1、你会错意了，是QE里面直接能够设置A, B, C, cosAB, cosAC, cosBC这六个量代替celldm(1:6)，A、B、C直接就是Ang为单位的，这样更简单一些。
2、前面提到ibrav=0的情况，并仅需要设置A=1，结合CELL_PARAMETERS{alat}，此时单位是Ang的；当然，你也可以使用CELL_PARAMETERS{Angstrom}。此时是可以直接使用POSCAR类似的格式。

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-19 20:53

卡开发发发表于 2020-3-19 19:09
1、你会错意了，是QE里面直接能够设置A, B, C, cosAB, cosAC, cosBC这六个量代替celldm(1:6)，A、B、C直 ...

嗯嗯好的，谢谢您，我再参照手册研究一下

作者
Author: 万里云 时间: 2020-3-20 10:19

gaogaogao 发表于 2020-3-19 12:59
好的，谢谢您，之前就是看了您的一篇介绍qe的贴子进的这个论坛，发现您也是东大的，好巧

你是哪个组的啊？

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-20 14:45

万里云发表于 2020-3-20 10:19
你是哪个组的啊？

我已经毕业2年了，还是不说我老板是谁了，不想给师父丢人

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-20 14:53

gaogaogao 发表于 2020-3-20 14:45
我已经毕业2年了，还是不说我老板是谁了，不想给师父丢人

我还有一个问题想请教您，下面是我试着优化SiC原胞，可是报错了
参数设置
CONTROL
calculation='vc-relax', disk_io='low', prefix='pwscf',
pseudo_dir='//soft/pslibrary.1.0.0/pbe/PSEUDOPOTENTIALS', outdir='./tmp', verbosity='high'
tprnfor=.true., tstress=.true., forc_conv_thr=1.0d-5
/
&SYSTEM
ibrav= 0,
nat= 2, ntyp= 2,
occupations = 'smearing', smearing = 'gauss', degauss = 1.0d-9
ecutwfc= 50, ecutrho = 500,
/
&ELECTRONS
electron_maxstep = 100
conv_thr = 1.0d-9
mixing_mode = 'plain'
mixing_beta = 0.8d0
diagonalization = 'david'
/
&IONS
ion_dynamics='bfgs'
/
&CELL
press_conv_thr=0.1
/
CELL_PARAMETERS (angstrom)
   3.0745003223       0.0000000000       0.0000000000
   1.5372501612       2.6625953831       0.0000000000
   1.5372501612       0.8875317944       2.5103190013
/
ATOMIC_SPECIES
  Si 28.08550 Si.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
  C  12.01070 C.pbe-n-kjpaw_psl.1.0.0.UPF
/
ATOMIC_POSITIONS (angstrom)
Si    0.000000000 0.000000000 0.000000000
C       1.537250161 0.887531794 0.627579750
K_POINTS {automatic}
  4 4 4 0 0 0
~
输出文件
[[57252,1],0]: A high-performance Open MPI point-to-point messaging module
was unable to find any relevant network interfaces:

Module: OpenFabrics (openib)
  Host: hmgao

Another transport will be used instead, although this may result in
lower performance.

NOTE: You can disable this warning by setting the MCA parameter
btl_base_warn_component_unused to 0.
--------------------------------------------------------------------------

   Program PWSCF v.6.0 (svn rev. 13079) starts on 20Mar2020 at  6:25: 1

   This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
   for quantum simulation of materials; please cite
      "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
      URL http://www.quantum-espresso.org",
   in publications or presentations arising from this work. More details at
   http://www.quantum-espresso.org/quote

   Parallel version (MPI), running on    1 processors
   Waiting for input...
   Reading input from standard input

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
   Error in routine  card_cell_parameters (2):
   two occurrences
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%

   stopping ...
--------------------------------------------------------------------------
MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD
with errorcode 1.

NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.
You may or may not see output from other processes, depending on
exactly when Open MPI kills them.

想问一下这是怎么回事，谢谢啦

作者
Author: 万里云 时间: 2020-3-23 11:42

gaogaogao 发表于 2020-3-20 14:53
我还有一个问题想请教您，下面是我试着优化SiC原胞，可是报错了
参数设置
CONTROL

去掉CELL_PARAMETERS和ATOMIC_SPECIES最后一样的/。

作者
Author: gaogaogao 时间: 2020-3-23 15:30

万里云发表于 2020-3-23 11:42
去掉CELL_PARAMETERS和ATOMIC_SPECIES最后一样的/。

enen是哪个/的问题，多谢大神

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