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标题: data文件获取的问题求助 [打印本页]

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Author: chittyda 时间: 2015-8-29 23:04
标题: data文件获取的问题求助
通过MS建模并优化得到各分子的.pdb文件，然后通过packmol软件创建了初始构型，最后使用VMD的topo命令将之写成了适合lammps的data文件，结果显示其中atoms数量、类型都正确，但bonds类型、angles类型、dihedrals类型及其数量都不对（本来bonds type应该是5种，但此种方法得出结果是1种；此外其他的类型结果都是0，数量也是0），请教下各位是我的方法问题还是这个方法的局限性。如果是方法不对，那是初始分子.pdb文件创建的问题吗？如何解决这个问题？谢谢！

作者
Author: Eming 时间: 2015-8-31 16:28
本帖最后由 Eming 于 2015-8-31 21:16 编辑

先guess，再输出-----

mol bondsrecalc top
topo retypebonds
topo guessangles
mol reanalyze top

复制代码

如果你只有一种atom type
bondtype等等就难说了，如果你能将pdb转换为带atomtype的格式（例如用babel），例如mol2；或者在vmd里自己assign一下atom type，可能会给出一些bond type，这时候你再用topo分析可能会好很多。pdb格式的信息是有限的。xyz格式是最没有意思的一种格式

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-1 04:25

Eming 发表于 2015-8-31 16:28
先guess，再输出-----
如果你只有一种atom type
bondtype等等就难说了，如果你能将pdb转换为带atomtype的 ...

非常感谢，问题已经解决！

作者
Author: 朱雪刚 时间: 2015-9-12 12:58
如果原子有坐标，和序号，不是太麻烦的话可以手动添加。

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-9-12 18:39
请问是如何解决的呢？？能贴出来吗？

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-12 21:25

ruanyang 发表于 2015-9-12 18:39
请问是如何解决的呢？？能贴出来吗？

虽然我不是按照大侠在回复中的方法解决的，但是我很乐意分享我自己的方法：
（1）首先在ms中产生自己的构型，然后再discover模块中进行部分md，注意添加力场（此时用的力场是cvff）,构型最后export成.car文件，注意此时跟随.car生成的还有.mdf文件
（2）将以上两个文件粘贴到lammps-tools-msi2lmp-src文件夹下，终端输入msi2lmp < data.name即可（注意，提前make msi2lmp）
注意：在ms中形成构型有限（可能材料构型居多），而且ms中力场有限，所以可以使用别的软件直接生成lammps最初的data文件和in文件。

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-12 21:28

朱雪刚发表于 2015-9-12 12:58
如果原子有坐标，和序号，不是太麻烦的话可以手动添加。

谢谢大侠拔刀相助！

作者
Author: ruanyang 时间: 2015-9-13 08:04
用msi2lmp生成data文件也算是常用手段，但是有时候也会不生成angle,bond等信息！多谢分享经验

作者
Author: chittyda 时间: 2015-9-13 08:29

ruanyang 发表于 2015-9-13 08:04
用msi2lmp生成data文件也算是常用手段，但是有时候也会不生成angle,bond等信息！多谢分享经验

个人认为，重点在于要在相应的力场下跑md。像之前把ms中建模分子又导入packmol进行整体建模就更无法输出相应的角、二面角参数了。

作者
Author: teller3531 时间: 2016-1-17 22:22
你好，请问怎么make msi2lmp.exe,谢谢了。

作者
Author: lty子于 时间: 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模，然后用moltemplate写入立场文件输出data文件就不会出现楼主这样的情况

作者
Author: atom 时间: 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信息之类的都没有，纳闷问下是不是这个力场不需要呀？
还有就是atom坐标信息里面的电荷都是0，这个又是？
有没有做这个力场的同学交流下

作者
Author: diaok 时间: 2017-3-20 18:15

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

moltemplate能够直接从一个分子里得到力场信息吗？
比如直接在amber力场，opls力场之间选择

作者
Author: lty子于 时间: 2019-4-24 23:05

diaok 发表于 2017-3-20 18:15
moltemplate能够直接从一个分子里得到力场信息吗？
比如直接在amber力场，opls力场之间选择

不可以的

作者
Author: Mikasa 时间: 2019-4-25 04:47

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“charge”这个atomstyle，这个与Lammps的ReaxFF任务的输入文件atom_style charge是一致的。

topo writelammpsdata <filename> charge

复制代码

writelammpsdata <filename> [<atomstyle>]
write atom properties, bond, angle, dihedral and other related data to a LAMMPS data file. 'atomstyle' is the value given to the 'atom_style' parameter.

复制代码

作者
Author: szhang_cumtb 时间: 2019-7-26 17:08

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

你好，我也在做lammps的reaxff模拟，请问你的问题解决了吗

作者
Author: szhang_cumtb 时间: 2019-7-26 17:30

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

你好，我也在做ReaxFF的MD，采用VMD将Material Studio构建的模型转换为Lammps可读的data文件后，发现文件中angle type, dihedral type,以及原子电荷都是0。Lammps自带的ReaxFF中的data文件中只有atoms的数量和类型数量，该力场是否不需要这些。

作者
Author: szhang_cumtb 时间: 2019-7-26 21:16

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

您好，我预计用ReaxFF计算煤分子的结构演化。首先用Material Studio构建了煤分子结构模型，采用Compass力场进行了结构优化，然后生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata charge 生成了data文件，发现bonds类型只有1种，且其他键角、二面角等类型都是0，数量也是0，原子的电荷也是0，不知我的方法是否正确，请求您的指导。

作者
Author: Mikasa 时间: 2019-7-26 22:43

szhang_cumtb 发表于 2019-7-26 21:16
您好，我预计用ReaxFF计算煤分子的结构演化。首先用Material Studio构建了煤分子结构模型，采用Compass力 ...

ReaxFF输入文件不不需要这些信息，你可以看一下力场原文。

作者
Author: naoki 时间: 2019-8-5 09:54

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

我想请教以下packmol建一个分子的pdb盒子设置多大合适呢，还有我看了半天moltemplate手册，还是没搞明白怎么给pdb写入力场文件，来向您咨询一下，谢谢谢谢～

作者
Author: lty子于 时间: 2019-8-14 14:11

naoki 发表于 2019-8-5 09:54
我想请教以下packmol建一个分子的pdb盒子设置多大合适呢，还有我看了半天moltemplate手册，还是没搞明白 ...

不知道你建一个分子之后要做什么，如果是算单个分子的气相性质，盒子建15*15*15埃就差不多了。看具体算什么性质。

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-4 19:27

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

请问一下如果atom_style用的是full的话这个方法是不是就不行了。还是说所有reax下的atom_style都是charge,不需要bond\angle等参数

作者
Author: WB1040720479 时间: 2020-9-4 19:28

atom 发表于 2017-1-17 16:56
我用的是reax力场，发现lammps自带的reax例子下面的data文件大多数只有atom的数量和类型数目，其余的键角信 ...

我也有这个困惑，data文件里是否需要bond等信息，对照着in是否需要bond_style

作者
Author: hongxy 时间: 2020-11-2 21:49
请教怎么make msi2lmp?之前没有编译经验

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-8-1 10:34
老师，您好，我想输出reaxff下的data文件，但我最后用VMD输出的data文件中有一列分子编号不需要，您知道怎样能不输出分子编号吗

作者
Author: zhi2679889405 时间: 2021-8-1 10:36

Mikasa 发表于 2019-4-25 04:47
ReaxFF的data文件可以先用Packmol生成pdb文件，再用VMD的topo writelammpsdata命令写出，并且需要指定“c ...

老师，您好，我想输出reaxff下的data文件，但我最后用VMD输出的data文件中有一列分子编号不需要，您知道怎样能不输出分子编号吗

作者
Author: luogaoyang123 时间: 2022-12-6 14:03

lty子于发表于 2016-1-18 10:59
先用guassian 输出一个分子的.pdb文件，其中有成键情况，再用packmol利用guassian生成的一个分子的.pdb建模 ...

子于老师，我建了一个聚合度为12的链用packmol获得了填充盒子后的pdb文件，想通过moltemplate写入力场生成data文件，想问一下力场lt文件如何获得。

作者
Author: pppyd 时间: 2024-5-22 16:04

chittyda 发表于 2015-9-12 21:25
虽然我不是按照大侠在回复中的方法解决的，但是我很乐意分享我自己的方法：
（1）首先在ms中产生自己的 ...

你好，请问OPLS力场有无好产生data的方法（全原子大概一万个原子左右）

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