计算化学公社

标题: 2019-nCOv病毒的模拟有没有直接关于病毒核酸的研究呢？ [打印本页]

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Author: Riddermark 时间: 2020-3-19 11:16
标题: 2019-nCOv病毒的模拟有没有直接关于病毒核酸的研究呢？
最近查这方面文献，发现好多都是和病毒蛋白酶相关的药物结合的位点的研究，有没有直接关于病毒核酸的研究呢

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-3-19 11:17
老师，和各位大佬指点一下，对这个领域不是很了解

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-19 15:12
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的不恰当标题“2019-nCOv病毒的模拟”改了，以后务必注意

如果要对帖子内容进行补充，在有别人回复前不要自己发回帖，而应当对原帖进行编辑

作者
Author: minishotgun 时间: 2020-3-19 22:07
本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-24 09:33 编辑

我们要阻止病毒损害机体，就要阻止病毒的入侵、脱壳、复制合成、出芽释放这几个环节中的任一环节。现在很多药物都是针对这几个环节中的某一环节设计的。比如我们要阻止病毒入侵细胞，就要开发抑制病毒刺突的抑制剂（刺突本质就是蛋白质）。只要药物占据了刺突上的活性位点，病毒就没办法和人体细胞上的靶点结合并进入细胞了。再比如我们针对病毒的水解酶开发抑制剂，阻止病毒蛋白质的成熟，那么病毒就没办法成熟释放继续损害其他细胞了。

而一般很少有药物直接作用于核酸，单独做核酸的分子模拟研究意义不是很大。

也有很多研究是分析病毒的核酸序列的。通过核酸序列的对比分析，可以确定每段序列的功能（每段序列可以翻译出什么蛋白质），确定病毒的进化树等等。但这些微生物学方面的研究一般也用不到分子模拟。

我对药物设计这方面了解的也不是特别多，如果有哪里说的不足的，还请多多包涵.....

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-3-20 09:38

minishotgun 发表于 2020-3-19 22:07
我们要阻止病毒损害机体，就要阻止病毒的入侵、脱壳、合成复制、出芽这4个环节中的任一环节。现在很多药物 ...

那请教一下大佬，现阶段是不是还没有2019-nCoV的病毒RNA的PDB文件吗？我不是准备研究药物的，想看看RNA的结构呢。我看以前的病毒甚至有整体做模拟的？

作者
Author: minishotgun 时间: 2020-3-20 14:05
本帖最后由 minishotgun 于 2020-3-24 09:34 编辑

Riddermark 发表于 2020-3-20 09:38
那请教一下大佬，现阶段是不是还没有2019-nCoV的病毒RNA的PDB文件吗？我不是准备研究药物的，想看看RNA的 ...

目前好像是没有SARS-Cov-2 RNA的晶体结构。你可以上RCSB搜一下其他RNA的晶体结构看看，或者根据序列自己构建。

是有人对整个病毒或者病毒的包膜做过模拟，不过模拟的时间尺度还很短，不足以观察到病毒的复制过程。

这是一篇关于病毒包膜模拟的文章，有兴趣的话可以看看。
DOI: 10.1021/acscentsci.9b01071

作者
Author: Riddermark 时间: 2020-3-20 16:59

minishotgun 发表于 2020-3-20 14:05
目前好像是没有SARS-Cov-2 RNA的晶体结构。你可以上RCSB搜一下其他RNA的晶体结构看看，或者根据序列自己 ...

谢谢大佬

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