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标题: 如何用GMX构建不同密度水盒子 [打印本页]

作者
Author: snow_wl 时间: 2020-3-22 03:23
标题: 如何用GMX构建不同密度水盒子
各位老师，我现在想研究一个nanocage在周围是不同水密度（比如密度从0.8，1.0，1.2变化）环境下的行为，有人知道如何在最初构建模型吗？

我本想利用NPT来计算，但是我采用的泛函NPT不支持，所以想是否可以通过控制最开始的水数目来构建不同密度的水模型呢（系综为NVT）？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-22 14:02
“我采用的泛函NPT不支持”语义不明。gmx根本不支持泛函
模拟用NVT，盒子体积知道，显然只要设置加入的水的数目就能控制密度。packmol或者gmx insert-molecules等做法都可以

作者
Author: snow_wl 时间: 2020-5-20 16:00

sobereva 发表于 2020-3-22 14:02
“我采用的泛函NPT不支持”语义不明。gmx根本不支持泛函
模拟用NVT，盒子体积知道，显然只要设置加入的水 ...

Sob老师，如果我想计算高密度的水如1600g/l，采用命令 gmx insert-molecules -f ion.pdb -ci H2O.pdb -nmol 1216 -o $2 (gmx solvate的默认水密度是1000g/l，体系共760个H2O，所以在1600g/l密度下，H2O个数应该是760*1.6=1216个)
结果发现只能加进去1117，有什么办法能加全这些H2O分子吗？谢谢！

作者
Author: diaok 时间: 2020-5-20 17:30

snow_wl 发表于 2020-5-20 16:00
Sob老师，如果我想计算高密度的水如1600g/l，采用命令 gmx insert-molecules -f ion.pdb -ci H2O.pdb -nm ...

液体很难压缩到这么密吧

作者
Author: sobereva 时间: 2020-5-21 07:14

snow_wl 发表于 2020-5-20 16:00
Sob老师，如果我想计算高密度的水如1600g/l，采用命令 gmx insert-molecules -f ion.pdb -ci H2O.pdb -nm ...

不可能这么插入。insert-molecules把盒子填满了，反复尝试发现都插不进去就自动结束了。
真想要高密度水，最好是通过NPT施加很大的压力试图达到那个密度
还有个办法是gmx editconf加上-scale选项来给粒子坐标乘上特定系数来实现高密度，但这样可能一开始模拟就崩了

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-6-20 10:36

snow_wl 发表于 2020-5-20 16:00
Sob老师，如果我想计算高密度的水如1600g/l，采用命令 gmx insert-molecules -f ion.pdb -ci H2O.pdb -nm ...

您好我能请教一下您这个命令行 -f -ci具体是代表什么吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-4 03:37

兰兰爱学习发表于 2022-6-20 10:36
您好我能请教一下您这个命令行 -f -ci具体是代表什么吗

这种问题自行看gmx insert-molecules -h输出的help理解，搞不明白的再具体问

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