计算化学公社

标题: 植酸力场生成的问题GAFF力场 [打印本页]

作者
Author: nianbin 时间: 2020-3-23 16:10
标题: 植酸力场生成的问题GAFF力场
卢老师好，我想跑一个植酸相关的分子动力学，我使用pubchem数据库下载了植酸（PA）的结构式，并在gaussian16下使用b3lyp/def2svp 水平进行优化，得到结构式以及resp电荷，然后使用acpype脚本（做不做优化的版本都试过了）得到gromacs立场文件。但是得到的参数即使真空下跑一个分子的npt都会炸开，不知道应该如何解决。
备注：我使用gromos力场没问题，可以正常跑（但是我体系中有Li2S4），而这个小分子的gromos力场参数无法直接获得，因此想请卢老师帮忙指点：
1：GAFF力场下PA的itp有什么问题；
2：gromos力场如何拟合小分子参数
用到的文件都附下面了 (, 下载次数 Times of downloads: 2)

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

(, 下载次数 Times of downloads: 11) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 15:06
思想家公社群里已经给你回复了

作者
Author: nianbin 时间: 2020-3-26 12:09
问题已经得到解决，感谢卢老师

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