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标题: 求助关于distance_restraints的问题 [打印本页]

作者
Author: yanzhiqing 时间: 2020-3-24 20:45
标题: 求助关于distance_restraints的问题
本帖最后由 yanzhiqing 于 2020-3-25 14:39 编辑

我现在的体系是磷脂分子DPPC当中放了根膜蛋白，现在我想在运行npt的时候，在topol文件最后用了[ distance_restraints ]限制其中的一个磷脂分子的头部和这根膜蛋白的距离。这张图是我的topol文件，图中1-48是我的膜蛋白的序号，865是我想限制的磷脂分子的头部序号，然后我还在mdp文件里也加入了disre相关内容，但是运行了以后，发现我这个限制没能起到作用，请各位老师和同学能解答一下我的问题到底出在哪里了，谢谢大家！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 15:32
#ifdef disres改成#ifdef DISRES再试

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Author: yanzhiqing 时间: 2020-3-25 19:19

sobereva 发表于 2020-3-25 15:32
#ifdef disres改成#ifdef DISRES再试

老师您好，我改成了#ifdef DISRES以后，在生成tpr文件的时候就报了这个错，这个865号就是我想限制距离的那个磷脂分子头部。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 21:18
这说明之前你的定义都没生效

[ distance_restraints ]未必能结合[ intermolecular_interactions ]，反正我没试过，可以到gmx mailing list上问问。[ intermolecular_interactions ]一般都是结合bonded项使用的。

作者
Author: 15810593730 时间: 2020-7-13 18:32
本帖最后由 15810593730 于 2020-7-14 01:15 编辑

1）gmx网站写有：The distance between two atoms within the same [moleculetype] can be restrained to a prescribed distance by setting [distance_restraints] in the topology.也根据您报错的信息，不同分子类型的话，是不能使用 [distance_restraints] 。BTW，index相同什么意思？联合起来施加混合约束？能否对原子组的质心进行距离约束？网站写的如图：——2020/7/13
2）我试了一下，即使同种分子类型的不同分子也会出现out of bounds的情况。[ intermolecular_interactions ]这种方法，在手册哪一块？为了实现对同种类型分子的不同分子的质心约束，我想到的一个土办办法是把第一个分子的所有信息复制一遍，再把原子序号加上去单分子的原子个数，我先试试效果吧。一个行之有效的办法是不是用pull的办法？但这种方法要么使分子移动了，要么是距离恒定？另外gmx genrestr生成了同一分子里所有原子间的距离限制，应该是把分子固定死了？ ——2020/7/14

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-1 21:46

15810593730 发表于 2020-7-13 18:32
1）gmx网站写有：The distance between two atoms within the same [moleculetype] can be restrained to a ...

想请问一下，这个index一般要如何设置，看了说明还是有些不懂

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-1 21:52

sobereva 发表于 2020-3-25 21:18
这说明之前你的定义都没生效

[ distance_restraints ]未必能结合[ intermolecular_interactions ]，反正 ...

sob老师，请问一下[distance_restraints]中的index一般根据什么进行设置？我看了说明，但还是不太明白这个依据什么？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-2 13:03

琦锅锅发表于 2020-10-1 21:52
sob老师，请问一下[distance_restraints]中的index一般根据什么进行设置？我看了说明，但还是不太明白这 ...

若无特殊情况，从0开始依次往下排就完了

作者
Author: 琦锅锅 时间: 2020-10-4 16:11

sobereva 发表于 2020-10-2 13:03
若无特殊情况，从0开始依次往下排就完了

嗯嗯，好的

作者
Author: byqyb 时间: 2020-12-16 11:16
请问题主，你的index 和low up1 up2是如何设置的？

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