计算化学公社

标题: 关于最合适的计算方法和基组选择的问题 [打印本页]

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Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-25 11:45
标题: 关于最合适的计算方法和基组选择的问题
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各位大佬好，我想请教个问题。我的本科毕业设计做的是若干个如图所示的体系的优化和结合能计算，本来是打算寒假结束返校之后在老师的服务器上算的，但是现在刚好赶上新冠疫情，没法返校（我大学在武汉，估计开学就五月份了要毕业答辩了），所以想向大家请教一下，在现有的条件下（我用的是自己的笔记本电脑，双核处理器，运存一共8GB，主频1.6GHZ，计算软件用的是win10下的Gaussian 16W），选用什么方法和基组是最省时间同时计算精度能满足本科毕业论文要求（至少让专业搞计算的老师看了我的论文数据不会认为我是傻*）。非常感谢大家！绝望jpg.

作者
Author: abin 时间: 2020-3-25 12:14
无脑推荐， B3LYP/6-31G(d)/B3DJ
使用Linux系统，可能计算快点。

要不，你租用一个dedicated server做计算吧。
阿里云的有一个月报价2000多人民币的。
注意，是一台有网络的实体机器，不是虚拟机。

作者
Author: doublezhang 时间: 2020-3-25 13:25

abin 发表于 2020-3-25 12:14
无脑推荐， B3LYP/6-31G(d)/B3DJ
使用Linux系统，可能计算快点。

2000太贵了，都可以买一台华南整机自己算啦。
淘宝搜索出租服务器的话一个月几百就能租到还凑合的，自己装个linux虚拟机算算高斯什么的都不差。
我觉得结构优化还是得用高斯，算高精度单点倒是可以用orca。
比如你可以在B3LYP-D3/def2svpp下面用高斯先优化一下结构，然后用orca的B3LYP/G-D3/def2-tzvp算个单点。不会很慢，一个月应该能搞定？你的体系原子数也不多，很快的。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-25 13:38
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-25 13:43 编辑

自己在电脑上装WSL（win10商店搜ubuntu即可，十分方便，无需刷系统、装双系统。不过安装要好一会儿）或VMWare虚拟机，在里面用linux g16（注意不要用g09）。

结构优化吐血推荐用高斯，计算级别B3LYP/6-31G(d) em=GD3BJ int=(fine,acc2e=10)
高精度单点可以用高斯也可以用ORCA（同样在linux下跑）。波函数分析在Win下用Multiwfn。

说实话，计算内容10天以内必然可以搞定。机器上要么用好点的笔记本，要么临时租用服务器，要么去网吧包最好的电脑（开玩笑，下下策），一点点钱（百级别）的事。

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-25 13:53

zjxitcc 发表于 2020-3-25 13:38
自己在电脑上装WSL（win10商店搜ubuntu即可，十分方便，无需刷系统、装双系统。不过安装要好一会儿）或VMWa ...

好的谢谢大佬，我装了乌班图的虚拟机，也有Linux版的高斯16，但是我刚入门，不会安装也不太会用，可否留个联系方式劳烦您指导我一下？万分感谢！

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-25 13:53

abin 发表于 2020-3-25 12:14
无脑推荐， B3LYP/6-31G(d)/B3DJ
使用Linux系统，可能计算快点。

好的谢谢大佬

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-25 14:06

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-25 13:53
好的谢谢大佬，我装了乌班图的虚拟机，也有Linux版的高斯16，但是我刚入门，不会安装也不太会用，可否留 ...

看sob老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-25 14:17

zjxitcc 发表于 2020-3-25 14:06
看sob老师博文《Gaussian的安装方法及运行时的相关问题》http://sobereva.com/439

哦哦，我这里的linux高斯的安装包分了四个part（压缩文件），我以前没接触过这种系统，请问有没有详细的那种精确到每一步的输入代码的教程啊

作者
Author: zjxitcc 时间: 2020-3-25 14:26
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-3-25 14:29 编辑

Q-Chembio-llg 发表于 2020-3-25 14:17
哦哦，我这里的linux高斯的安装包分了四个part（压缩文件），我以前没接触过这种系统，请问有没有详细的 ...

“那种精确到每一步的输入代码的教程”是你实验室的师兄师姐。比较好的高斯教程很多，除了sob老师的博文（需详读）外，还有“量子化学”公众号文章分类->软件教程里也有一些，仔细看鼓捣鼓捣就行了。

如果你是有好几个.part的压缩文件，大概率是分卷的rar压缩文件，需先在win下解压缩。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-25 14:36
就区区两核，也不做后HF，没必要用linux版。win和linux版对于当前研究性能没有显著区别。
你先在Gaussian里用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*结合force关键词算一下受力，看看耗时多久，乘上20作为估计的几何优化的时间。如果能接受，用这么优化完，如果不能接受，就用Gaussian里PM6-D3（从G09 D.01开始才支持）或者PM7（从G16开始支持）做优化。答辩时候如果有老师嫌你计算级别低，你就说疫情原因只能用自己笔记本算，对方不会难为你。

单点计算用M06-2X/6-311+G**。虽然以你的计算能力耗时不低，但一次性就能算完，耐心点等等就行了。也可以根据做一轮SCF的耗时乘以15，估计跑完大概需要多少时间。如果确实算不动，建议改用ORCA做B97-3c，肯定没有压力。

之后用Multiwfn做各种弱相互作用分析（AIM、RDG、IGM、静电势分析等）用单点任务产生的波函数文件就行，这不会需要太高耗时，两核毫无压力。

作者
Author: Q-Chembio-llg 时间: 2020-3-25 14:52

sobereva 发表于 2020-3-25 14:36
就区区两核，也不做后HF，没必要用linux版。win和linux版对于当前研究性能没有显著区别。
你先在Gaussian ...

好的！非常感谢您！老师您太专业了！崇拜jpg.

作者
Author: pika02 时间: 2020-3-25 17:31

abin 发表于 2020-3-25 12:14
无脑推荐， B3LYP/6-31G(d)/B3DJ
使用Linux系统，可能计算快点。

typo，B3DJ→D3BJ

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