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标题: 请教:Energy minimization的目的是什么? [打印本页]

作者
Author:
yihanxu    时间: 2020-3-25 11:50
标题: 请教:Energy minimization的目的是什么?
本帖最后由 yihanxu 于 2020-3-24 21:53 编辑

老师好,请问进行EM的目的是不是有两个?目的一是消除过大的力,使MD simulation顺利的进行下去。另一个目的在GROMACS的manual里这样描述过“Another reason to perform an energy minimization is the removal of all kinetic energy from the system: if several “snapshots” from dynamic simulations must be compared, energy minimization reduces the thermal noise in the structures and potential energies so that they can be compared better ”。没读懂这句,请问这个目的是什么呢?谢谢!





作者
Author:
sobereva    时间: 2020-3-25 14:29
第二个目的就类似于常规的几何优化,如同量子化学里比较两个结构能量之前肯定得先做优化。下文里对构象能量进行筛选之前调用xtb对MD跑出来的帧批量做优化就是这个目的。
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532




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