计算化学公社

标题: 如何在高斯的输出文件中看虚频的特征向量 [打印本页]

作者
Author: qzxchem 时间: 2020-3-26 15:55
标题: 如何在高斯的输出文件中看虚频的特征向量
请问各位老师，在高斯的频率计算的信息中，包含了本征值与本征向量的输出，请问本征向量在哪里呢？谢谢各位老师
out输出文件中哪里的虚频的本征向量呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-26 16:45
在下图这种地方。箭头图用gview的results - vibrations界面观看
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作者
Author: qzxchem 时间: 2020-3-26 17:52
本帖最后由 qzxchem 于 2020-3-26 17:58 编辑

谢谢老师的指点！之前请教老师关于定性分析两个振动模式（如果是过渡态的虚频话）之间耦合的方法：
问题：如何通过高斯输出文件计算虚频方向上的overlap呢？想看下两个过渡态的在虚频方向上的匹配度呢？之前好像有看到说是通过高斯输出的frequency的本征向量，拿出两个矩阵来相乘得到一个绝对值在0到1的标量
老师指点：如果过渡态区域结构足够相似，做个局部结构的align或许能满足你的实际需求

感谢sob老师的指导。经过文献查询，有一个Sudden vector projection model的分析，请问老师有什么建议或者相关的教程分享嘛，谢谢老师！参考文献DOI：10.1063/1.4810007

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-3-26 18:47

qzxchem 发表于 2020-3-26 17:52
谢谢老师的指点！之前请教老师关于定性分析两个振动模式（如果是过渡态的虚频话）之间耦合的方法：
问题： ...

这好像就是点乘了两个向量而已？

作者
Author: qzxchem 时间: 2020-3-26 21:19

liyuanhe211 发表于 2020-3-26 18:47
这好像就是点乘了两个向量而已？

如果虚频的两个本征向量矩阵点乘的话，得到的还是一个矩阵。而是这里最后得到的是一个绝对值在0到1的标量，越接近1表示两个虚频约coupling。请老师指点，谢谢！

作者
Author: qzxchem 时间: 2020-3-26 21:20

sobereva 发表于 2020-3-26 16:45
在下图这种地方。箭头图用gview的results - vibrations界面观看

感谢sob老师的指导。经过文献查询，有一个Sudden vector projection model的分析，希望能够分析两个过渡态虚频的耦合，请问老师有什么建议或者相关的教程分享嘛，谢谢老师！参考文献DOI：10.1063/1.4810007

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-3-27 03:17
本帖最后由 Daniel_Arndt 于 2020-4-2 05:17 编辑

qzxchem 发表于 2020-3-26 21:20
感谢sob老师的指导。经过文献查询，有一个Sudden vector projection model的分析，希望能够分析两个过渡 ...

我记得Guo, Hua的个人主页上可以找到这个软件。但我当初查看的时候，关于如何将这个方法用于g09输出文件的部分有点语焉不详，因此没有尝试使用这个方法。你自己看看现在这个软件的手册写得怎么样了。我当初看到这个方法是因为它可以定量地区分early transition state、late transition state。我不知道你是想用这个方法服务于什么目的。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-28 05:27

qzxchem 发表于 2020-3-26 21:19
如果虚频的两个本征向量矩阵点乘的话，得到的还是一个矩阵。而是这里最后得到的是一个绝对值在0到1的标量 ...

两个矢量点乘（内积）怎么可能得到矩阵，显然是个标量
两个矩阵做外积才得到的是矩阵

作者
Author: qzxchem 时间: 2020-4-1 09:21

sobereva 发表于 2020-3-28 05:27
两个矢量点乘（内积）怎么可能得到矩阵，显然是个标量
两个矩阵做外积才得到的是矩阵

谢谢老师的指导！十分感谢！

作者
Author: qzxchem 时间: 2020-4-1 09:22

Daniel_Arndt 发表于 2020-3-27 03:17
我记得Guo, Hua的个人主页上可以找到这个软件。但我当初查看的时候，关于如何将这个方法用于g09输入文件 ...

感谢回复，这里是想分析两个过渡态的耦合程度。

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