计算化学公社

标题: 在QE计算时，怎么固定原子不动？ [打印本页]

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作者
Author: gaogaogao    时间: 2020-3-26 16:55
标题: 在QE计算时，怎么固定原子不动？
我建立了2层的超晶胞，怎么固定下面的原子不动，只计算上面的原子呢，求指点，感谢

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作者
Author: 卡开发发    时间: 2020-3-26 17:46
固定的原子坐标后面写0 0 0。参考手册if_pos关键字。

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作者
Author: gaogaogao    时间: 2020-3-26 18:47

卡开发发 发表于 2020-3-26 17:46
固定的原子坐标后面写0 0 0。参考手册if_pos关键字。

好的，谢谢大佬，我去查手册

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作者
Author: libai6868    时间: 2020-9-7 08:16

卡开发发 发表于 2020-3-26 17:46
固定的原子坐标后面写0 0 0。参考手册if_pos关键字。

我建立的超晶胞有120个原子，我不知道我固定的是哪一个，有没有直观一些的图形操作界面？

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作者
Author: wolfli369    时间: 2020-9-7 08:30
图像化操作界面https://nisihara.wixsite.com/burai

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作者
Author: 卡开发发    时间: 2020-9-7 14:29

libai6868 发表于 2020-9-7 08:16
我建立的超晶胞有120个原子，我不知道我固定的是哪一个，有没有直观一些的图形操作界面？

BURAI可以试试，地址参考楼上的。

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作者
Author: Penson    时间: 2020-9-8 00:35
可以考虑用XCrySDen软件查看，社长已经给了编译好的包，傻瓜式安装即可，亲测可用：http://bbs.keinsci.com/thread-18599-1-1.html

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作者
Author: neocc    时间: 2021-7-25 22:24


pw.x: input description
https://www.quantum-espresso.org/Doc/INPUT_PW.html#idm1094

ATOMIC_POSITIONS { alat | bohr | angstrom | crystal | crystal_sg }
X(1)          x(1)          y(1)          z(1)         {         if_pos(1)(1)          if_pos(2)(1)          if_pos(3)(1)         }
X(2)          x(2)          y(2)          z(2)         {         if_pos(1)(2)          if_pos(2)(2)          if_pos(3)(2)         }
. . .
X(nat)          x(nat)          y(nat)          z(nat)         {         if_pos(1)(nat)          if_pos(2)(nat)          if_pos(3)(nat)         }

该原子力的分量 i 乘以 if_pos(i)，必须是 0 或 1。用于在分子动力学或结构优化运行中保持选定原子和/或选定组件的固定状态。


ATOMIC_POSITIONS {crystal}
A       0.000000   0.000000   0.000000  0 0 0
B       0.500000   0.500000   0.500000  0 0 0


建议使用BURAI，B站上面有教学视频，安装也方便。

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