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标题: 求助，关于编写top文件出错的问题 [打印本页]

作者
Author: xzb 时间: 2020-3-27 19:14
标题: 求助，关于编写top文件出错的问题
本人是刚学gromacs一周的小白，按照http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=428&extra=&authorid=1&page=1中sob老师提到的利用ATB生成top文件的方法，将sob老师给的“两个完整的基于ATB产生的拓扑文件做小分子+水模拟的例子”中的cholesterol换成Cyclohexane后，在进行模拟“grompp -f em.mdp -c system.gro -p system.top -o em.tpr”这步时，系统提示错误‘错误信息为： (, 下载次数 Times of downloads: 11)
我写的top文件为：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)
我的chx.itp文件是放在桌面上的，不知道是哪里出了问题，希望各位老师能帮忙解答，谢谢！

作者
Author: snljty 时间: 2020-3-27 20:31
检查你的chx.itp文件，看里面的[ moleculetype ]字段写的分子类型到底叫什么。把system.top的molecules字段的名字换成对应的。

作者
Author: xzb 时间: 2020-3-27 21:57

snljty 发表于 2020-3-27 20:31
检查你的chx.itp文件，看里面的[ moleculetype ]字段写的分子类型到底叫什么。把system.top的molecules字段 ...

好的！十分感谢！！！

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