计算化学公社

标题: gmx_covar输出文件如何转化为本征值大小vs本征值序号 [打印本页]

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-28 21:32
标题: gmx_covar输出文件如何转化为本征值大小vs本征值序号
请教一下大家

我在用gmx_covar计算本征向量和本征值但输出的eigenvalues.xvg中 X轴坐标单位是Eigenvector index Y轴单位是nm\S2\N

我不是很理解在eigenvalues.xvg中 1号本征值对应的是1.45 （我理解的是这个值不应该小于1吗？就是能描述整个体系运动的百分之多少）

最后我想知道的结果是比如前5个PC可以描述总体运动的百分之多少这种那eigenvalues.xvg应该怎么改动才能得到类似的数据

谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-29 11:26
1.45除以所有PC的本征值的总和再乘以100%就是其贡献百分比

此文有说
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-29 17:26

sobereva 发表于 2020-3-29 11:26
1.45除以所有PC的本征值的总和再乘以100%就是其贡献百分比

此文有说

谢谢社长还想请教一下

如果PC1只占了总eigenvalues的34% 是不是就没有办法用PCA的方法去描述蛋白的运动？也没有办法用自由能形貌图去描述蛋白的运动？

我看了一些文章在进行FEL分析的时候没有去说PC1 PC2的eigenvalues是多少直接去做的FEL分析比如https://doi.org/10.1007/s11011-017-0121-2 在正文以及补充材料里都没有提到
是不是没有描述PC1 PC2的eigenvalues是多少直接去做FEL这种做法是不合理的？

作者
Author: azero 时间: 2020-3-29 18:25

土拔鼠发表于 2020-3-29 17:26
谢谢社长还想请教一下

如果PC1只占了总eigenvalues的34% 是不是就没有办法用PCA的方法去描述蛋白的运 ...

最近我也在研究PCA，发现了同样问题。
很多文章都是说前X个PC占百分之多少(至少70%-80%+吧)，还有一些加一句PC1+PC2占多少(看了好几篇，没留意到超60%的,可能文献看得还不够吧)，就PC1和PC2开始作图了

还有些文章是用 Cartesian PC1 和 dihedral PC1 做FEL的

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-3-29 18:50

azero 发表于 2020-3-29 18:25
最近我也在研究PCA，发现了同样问题。
很多文章都是说前X个PC占百分之多少(至少70%-80%+吧)，还有一些加 ...

嗯我试过重复一篇文章的体系没有原文的输入文件我是按照相同的模拟设置去做的相同的时间尺度的模拟我算出来的PC1只有29% 文章里提到PC1+PC2能描述70% 我给作者发邮件问是不是我的计算方法的问题但没有回复我

我这次算的PC1+PC2差不多在45%
我试过之前模拟的三个蛋白一共14个体系 PC1只有一个体系能超过40% 没有一个PC1+PC2超过60% 所以不太清楚问题到底出现在哪里 - .. -

作者
Author: azero 时间: 2020-3-29 19:45

土拔鼠发表于 2020-3-29 18:50
嗯我试过重复一篇文章的体系没有原文的输入文件我是按照相同的模拟设置去做的相同的时间尺度的模拟我 ...

同样模拟了很多蛋白, PC1+PC2都很低。在想能不能只选取自己感兴趣的氨基酸残基做FEL
等Sob老师和其他大神回答

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-3-31 02:47
不想用PCA的话，可以尝试用tICA来降维。我试过pyemma这个软件做tICA，效果还行。我当时就是把所有重原子的二面角的正弦值、余弦值随时间的变化都算出来，写到一个文本文件中，然后参考了一下 https://emma-project.org/devel/g ... ptide-showcase.html 这个网页做的。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-3-31 02:49
我之前说的那个网址的https证书可能有点问题，建议不要管Chrome浏览器的提示，要不然浏览不成。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-31 02:52
对PCA感兴趣的建议看看WIREs Comput Mol Sci, doi: 10.1002/wcms.1099
做PCA分析理应说清楚PC占了百分之多少
如果没有鲜明的定向运动的话，PC1+PC2不高是很正常的

作者
Author: azero 时间: 2020-4-2 15:21

Daniel_Arndt 发表于 2020-3-31 02:47
不想用PCA的话，可以尝试用tICA来降维。我试过pyemma这个软件做tICA，效果还行。我当时就是把所有重原子的 ...

话说能不能把多段轨迹合并后分析tICA？
就是模拟开始是A构象，结束后变成了B构象；轨迹合并后，B构象又立马变回了A构象。
担心合并后的轨迹跟time-lag的含义有冲突。
不清楚tICA的time-lag的含义，实在看不懂那些公式。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2020-4-3 09:15

azero 发表于 2020-4-2 15:21
话说能不能把多段轨迹合并后分析tICA？
就是模拟开始是A构象，结束后变成了B构象；轨迹合并后，B构象又 ...

做tICA的话，多条轨迹不需要合并吧？
你查一下pyemma官网手册，pyemma.coordinates.tica里面，data对应的参数可以是ndarray，也可以是list of ndarray。一条轨迹就用ndarray，多条轨迹就用list of ndarray。我处理多条轨迹的时候，就是list of ndarray，根本不需要去合并。

而且，我觉得如果你把多条轨迹合并成一条轨迹做tICA，可能由于不连续导致出问题。

作者
Author: Amelia 时间: 2022-5-18 21:25
老师们，我想请问一下计算每个氨基酸在PC1上的贡献这个怎么做呀？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-18 21:37

Amelia 发表于 2022-5-18 21:25
老师们，我想请问一下计算每个氨基酸在PC1上的贡献这个怎么做呀？

我不知道你从哪里看到这种说法的
没见过这种说法。先了解点PCA的原理知识从原理上思考什么能算什么不能算

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