卡开发发 发表于 2015-9-2 00:46
1、先回答问题。我只说说自己的看法吧:
体系80原子似乎也不算很复杂的体系,不妨把结构发来看看,但我也 ...
卡开发发 发表于 2015-9-2 00:46
1、先回答问题。我只说说自己的看法吧:
体系80原子似乎也不算很复杂的体系,不妨把结构发来看看,但我也 ...
sobereva 发表于 2015-9-2 06:20
可以先用molclus或其它分子构象搜索程序(比如MS里的conformer)找出一批能量较低的构象,写个脚本或程序, ...
sobereva 发表于 2015-9-2 06:20
可以先用molclus或其它分子构象搜索程序(比如MS里的conformer)找出一批能量较低的构象,写个脚本或程序, ...
MrD 发表于 2015-9-2 10:46
首先,非常感谢您的回复,这么长的回复,啥也不说了,满满的感动。我以前做分子量化计算的,现在转行做第 ...
MrD 发表于 2015-9-2 10:46
首先,非常感谢您的回复,这么长的回复,啥也不说了,满满的感动。我以前做分子量化计算的,现在转行做第 ...
zhangj158 发表于 2015-9-2 16:18
老师,那存不存在分子构象搜索的时候1和2两个构象的能量差很大,1的能量更低,但是在吸附以后发现构象2这 ...
MrD 发表于 2015-9-2 11:08
非常感谢Sob老师,做计算差不多有5年了,一直都跟着Sob老师的博文学习,受益良多。
结构就是单层MoS2 ...
jiewei 发表于 2015-9-4 09:52
首先,你要明白一点, MoS2也算是一种衬底,分子在衬底上的吸附本身就有很多种可能, 包括平躺(一般计算都 ...
能量最大原理这些都是在这种建模过程中 理论化学家 不懂实验的结果
理论是为实验服务的,模型是根据实验来的
卡开发发 发表于 2015-9-4 12:09
这个并不赞同,不知道算不算是以讹传讹,之所以做结构优化要求能量最低还是有原因的,并非理论家不了解 ...
jiewei 发表于 2015-9-4 13:48
可能是我表达有误, 能量最低肯定是有原因, 不过在某些条件下的分子构象未必是以能量最低的形态存在。 ...
鹃子 发表于 2016-11-28 11:04
楼楼们的讨论确实很精彩,小菜也是一直在计算中只将cutoff按照Coarse、Medium、Fine等设置,今天看了@卡开 ...
鹃子 发表于 2016-11-28 16:49
非常清晰,谢谢大神!
1. 对于4还有一事不明,既然Mulitipole expansion的值在Dmol3中最大是16,一般默认 ...
sobereva 发表于 2015-9-2 23:41
很可能这样,所以不能光取构象搜索时能量最低的那个,而是最低的一批都应当考虑,看谁吸附后能量最低。
Aristotler 发表于 2017-10-27 22:47
老师,看到这个帖子,学生有一个迷惑的事情。为了得到合理的能量最低的构型,我先采用淬火的方法在1000K ...
sobereva 发表于 2017-10-28 01:32
你的具体情况我不清楚。不同的外环境都会影响柔性分子的最稳定构象,真空下和在晶体环境下的情况有区别 ...
Aristotler 发表于 2017-10-28 07:53
谢谢老师,请问老师这个加速温度如何选取呢?
Aristotler 发表于 2017-10-28 08:01
假如只加热300K,但时间够长,是不是也会和高温下达到的效果差不多?得到一些高温下才容易产生的结构?谢 ...
Aristotler 发表于 2017-10-28 07:53
谢谢老师,请问老师这个加速温度如何选取呢?
sobereva 发表于 2017-10-28 12:32
原理上会,但是你需要多跑的时间以数量级来论
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