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标题: 求助聚苯乙烯和根皮苷体系top文件书写问题 [打印本页]

作者
Author:
xzb    时间: 2020-3-29 18:30
标题: 求助聚苯乙烯和根皮苷体系top文件书写问题
大家好,我用packmol构建了含有一个聚苯乙烯和一个根皮苷的体系,聚苯乙烯和根皮苷的拓扑文件(.itp)是由ATB网站获取。书写的top文件如下:
(, 下载次数 Times of downloads: 29)
在填充溶剂后变为
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
接着运行能量最小化时出现错误,如下:
(, 下载次数 Times of downloads: 11)
top文件中的molecules字段对应的分子名称与聚苯乙烯(ps)和根皮苷(LZDM)的itp文件中的分子名称相同。
请问是哪里出了问题呢?

作者
Author:
snljty    时间: 2020-3-29 20:16
本帖最后由 snljty 于 2020-3-29 20:36 编辑

你把关键信息全都截了没贴啊...关键信息是Fatal Error前面写的那个Error到底是什么,以及你的itp长什么样子。

作者
Author:
xzb    时间: 2020-3-29 20:24
snljty 发表于 2020-3-29 20:16
你把关键信息全都截了没贴啊...关键信息是Fatal Error前面写的那个Error到底是什么,以及你的itp长什么样子 ...

您好,完整的错误信息如下:
(, 下载次数 Times of downloads: 13) ps的itp文件 (, 下载次数 Times of downloads: 10)
根皮苷的itp文件 (, 下载次数 Times of downloads: 9)

谢谢,麻烦您了!

作者
Author:
liuyuje714    时间: 2020-3-30 11:33
用atb产生的top,要下载该网站上提供的gromos力场包。
作者
Author:
nianbin    时间: 2020-3-30 13:59
ATB网站已经说得非常清楚需要补充54a7_atb力场文件包
作者
Author:
xzb    时间: 2020-3-31 10:06
liuyuje714 发表于 2020-3-30 11:33
用atb产生的top,要下载该网站上提供的gromos力场包。

嗯嗯,我之前不知道从ATB下载的gromacs力场包要覆盖原有的力场包,现在知道了,谢谢




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