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标题: 用metadynamic (cp2k)求体系自由能的metadynlog文件内容问题 [打印本页]

作者
Author: Jennifer 时间: 2020-3-30 19:55
标题: 用metadynamic (cp2k)求体系自由能的metadynlog文件内容问题
请问用metadynamic(cp2k)求体系自由能，目前有metadynlog文件，2个CV。 col2 和col3 是两个cv。后面6个col是什么？请问可以用这个文件求出来自由能吗？
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   0.50000000    3.31267    5.44584    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   1.00000000    3.31030    5.44884    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   1.50000000    3.30683    5.45288    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   2.00000000    3.30219    5.45802    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   2.50000000    3.29635    5.46428    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   3.00000000    3.28929    5.47167    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   3.50000000    3.28103    5.48010    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   4.00000000    3.27160    5.48947    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   4.50000000    3.26106    5.49961    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   5.00000000    3.24951    5.51038    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   5.50000000    3.23700    5.52158    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000
   6.00000000    3.22360    5.53306    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000    0.00000

作者
Author: sobereva 时间: 2020-3-30 20:30
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“aimd 自由能 metadynamic”改了，以后务必注意

作者
Author: highlight 时间: 2020-3-31 12:45
请参考 https://www.cp2k.org/exercises:2015_cecam_tutorial Second task 的最后一段：

Other quantities that can be monitored from the MOTION/FREE_ENERGY/METADYN/PRINT/COLVAR output, beside the instantaneous values of the three CVs (2nd, 3rd, and 4th col.) are : the instantaneous gradient of the bias potential computed with respect to CV (5th, 6th, 7th col.), the gradients wit respect to the CVs of wall potentials, if present, (8th,9th,10th col), the instantaneous value of the bias potential, and the instantaneous values of the wall potentials.

作者
Author: gaofe 时间: 2021-1-30 18:22
请问您体系的自由能求值问题解决了吗？我也遇到了这个问题。

作者
Author: XXDD 时间: 2025-8-1 16:33
请问解决了吗，我也想知道

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