标题: 求助：pdb2gmx生成蛋白质的top文件时，提示找不到残基怎么办 [打印本页] 作者Author: Riddermark 时间: 2020-3-31 10:56 标题: 求助：pdb2gmx生成蛋白质的top文件时，提示找不到残基怎么办 Fatal error:
Atom OT1 in residue HSD 609 was not found in rtp entry HSD with 17 atoms
while sorting atoms.
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请教各位老师，这个怎么处理啊。gmx里的几个力场都试过了作者Author: sobereva 时间: 2020-4-1 03:06
显然不是找不到残基，而是pdb文件里HSD609残基中的OT1不在rtp文件里HSD残基的定义当中
通常源于pdb文件里原子名和rtp文件不符。自行把pdb里相应残基的原子名对照着rtp里的名字改，使二者一致就完了