计算化学公社

标题: 用gmx做SMD，想求助mdp文件中pull的设置 [打印本页]

作者
Author: 小土豆 时间: 2020-3-31 19:40
标题: 用gmx做SMD，想求助mdp文件中pull的设置
gmx可以用来做牵引力模拟，因为是新手，在这方面不太懂。想请求过来人能不能帮忙指点一二，在哪里可以找到比较全面的学习umbrella sampling的内容，或者谁可以分享一下mdp文件的pull代码的设置之类的细节，实在是卡在这里无法进行，谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-1 02:56
发帖时候别随便用大字号，看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示，剩下的结合手册琢磨

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(, 下载次数 Times of downloads: 62)

另参考
在Gromacs中模拟金纳米线拉伸过程（含视频）
http://sobereva.com/153

Gromacs的pull code介绍(3.3.x+4.0.x)（此文对应的是老版本，很多都和当前不符，但也有一定共通性）
http://sobereva.com/40

作者
Author: 小土豆 时间: 2020-4-1 12:41

sobereva 发表于 2020-4-1 02:56
发帖时候别随便用大字号，看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示，剩下的结合 ...

好的，谢谢社长！

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-4-6 22:18

sobereva 发表于 2020-4-1 02:56
发帖时候别随便用大字号，看着很不舒服。给你改回去了

给你几页我的培训班里的ppt作为提示，剩下的结合 ...

Sob老师，我想问下，用gromacs输出的力的单位是KJ/mol/nm，如果用e的势能梯度变化来算的话将单位换算成pN，具体有什么算法吗？感谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-7 06:56

DwyaneWan 发表于 2020-4-6 22:18
Sob老师，我想问下，用gromacs输出的力的单位是KJ/mol/nm，如果用e的势能梯度变化来算的话将单位换算成pN ...

先把kJ/mol、nm都换算成国际单位J、M，此时对应N，然后再根据N和pN（1E-12 N）的关系换算便知

作者
Author: yinjing_hao 时间: 2021-4-27 19:49
请问，设置constaint可以监视两个组之间的限制力，意思是可以直接读出来最小断裂力吗？umbrella方法可以做到吗，非常感谢！

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