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标题: 求助：mdp文件里设置了跑20ns，结果跑了接近10ns就退出了，请问可能是系统的原因吗？ [打印本页]

作者
Author: fwan1006 时间: 2020-4-1 12:16
标题: 求助：mdp文件里设置了跑20ns，结果跑了接近10ns就退出了，请问可能是系统的原因吗？
; Run parameters
integrator             = md       ; leap-frog integrator
nsteps                = 10000000 ; 2 * 10000000 = 20000 ps (20 ns)
dt                   = 0.002    ; 2 fs

这是mdp文件的一部分，但是最终我在用gmx distance读距离的时候读到9940ps就没了，这可能会是哪些原因？

作者
Author: 土拔鼠 时间: 2020-4-1 16:18
先看看你的任务有没有正常结束轨迹文件是不是完整的

作者
Author: fwan1006 时间: 2020-4-2 13:00

土拔鼠发表于 2020-4-1 16:18
先看看你的任务有没有正常结束轨迹文件是不是完整的

log文件里也没有报错，算着算着比如要算20ns它算到10ns就结束了，轨迹文件是不是完整的是什么意思？轨迹文件也只到对应的时间就没了

谢谢了- -

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 05:43
换个gmx版本再试

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