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标题: 在做分子动力学模拟时，优化AC的几何结构出错 [打印本页]

作者
Author: ycmingjing 时间: 2020-4-1 16:40
标题: 在做分子动力学模拟时，优化AC的几何结构出错
本帖最后由 ycmingjing 于 2020-4-1 16:42 编辑

Forcite优化结构报错，不收敛WARNING Convergence criteria are not satisfied.

论坛说继续优化，但是Document文件中没有生成13.xtd文件怎么继续优化，用13.xsd这个文件吗

---- Geometry optimization parameters ----

Algorithm                      : Smart
Convergence tolerance:
  Energy                      : 0.001 kcal/mol
  Force                      : 0.5 kcal/mol/A
Maximum number of iterations : 1000
External pressure             : 0 GPa
Motion groups rigid          : NO
Optimize cell                : YES

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : COMPASSII (Version 1.1)
Charges                      : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

Energy contributors with missing parameters:
Angle Bend                : (c4 n2z n2=)

Energy contributors using automatic parameters:
Angle Bend                : (c4 c4 n3o), (n2z n2= n)

---- Initial structure ----

Total enthalpy                : -42415.626059 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   :    -42415.626059 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Valence energy (diag. terms)  :    -22888.809
Bond                      :       349.682
Angle                      :       2025.439
Torsion                   :    -25396.718
Inversion                :       132.789
  Valence energy (cross terms)  :       -255.674
Stretch-Stretch          :          3.072
Stretch-Bend-Stretch       :       -79.843
Stretch-Torsion-Stretch    :          1.277
Separated-Stretch-Stretch :          0.000
Torsion-Stretch          :       61.211
Bend-Bend                :       15.984
Torsion-Bend-Bend          :       -101.238
Bend-Torsion-Bend          :       -156.137
  Non-bond energy             :    -19271.143
van der Waals             :    -5567.966
Long range correction    :       -408.198
Electrostatic             :    -13294.979

rms force  :  1.717E+01 kcal/mol/A
max force  :  1.884E+03 kcal/mol/A
rms stress :  1.542E-02 GPa
max stress :  2.236E-02 GPa

Cell parameters: a:  69.600541 A b:  69.577997 A c:  69.607138 A
            alpha:  90.010 deg  beta:  89.978 deg gamma:  90.023 deg

---- Final structure ----

Total enthalpy                : -43174.846631 kcal/mol
  External pressure term       : 0.000000 kcal/mol

Total energy                   :    -43174.846631 kcal/mol

Contributions to total energy (kcal/mol):
  Valence energy (diag. terms)  :    -23295.514
Bond                      :       279.621
Angle                      :       1804.197
Torsion                   :    -25507.675
Inversion                :       128.343
  Valence energy (cross terms)  :       -252.194
Stretch-Stretch          :          2.564
Stretch-Bend-Stretch       :       -74.681
Stretch-Torsion-Stretch    :          0.959
Separated-Stretch-Stretch :          0.000
Torsion-Stretch          :       40.825
Bend-Bend                :       13.372
Torsion-Bend-Bend          :       -84.304
Bend-Torsion-Bend          :       -150.928
  Non-bond energy             :    -19627.138
van der Waals             :    -5879.775
Long range correction    :       -401.034
Electrostatic             :    -13346.330

rms force  :  1.578E+01 kcal/mol/A
max force  :  1.748E+03 kcal/mol/A
rms stress :  1.185E-02 GPa
max stress :  1.733E-02 GPa

Cell parameters: a:  70.014423 A b:  69.981358 A c:  70.025871 A
            alpha:  90.015 deg  beta:  89.957 deg gamma:  90.040 deg

WARNING Convergence criteria are not satisfied.

作者
Author: zhongwen 时间: 2021-4-10 08:50
请问解决了吗，我也遇到了同样的问题，想请教您！

作者
Author: ycmingjing 时间: 2021-4-11 11:22
用xsd文件继续优化

作者
Author: ohlalaoh 时间: 2022-2-18 08:39
请问你后面怎么解决的呢，我正好建了一个和你差不多大的盒子，也遇到了相同的困扰

作者
Author: AaronO_o 时间: 2022-2-18 11:19
本帖最后由 AaronO_o 于 2022-2-18 11:32 编辑

从以下盒子的尺寸：优化前：
Cell parameters: a:  69.600541 A b:  69.577997 A c:  69.607138 A
            alpha:  90.010 deg  beta:  89.978 deg gamma:  90.023 deg
优化后：
Cell parameters: a:  70.014423 A b:  69.981358 A c:  70.025871 A
            alpha:  90.015 deg  beta:  89.957 deg gamma:  90.040 deg
可以看出来，盒子尺寸接近约70A/90deg，但是均略有微小的偏差。因此我认为很可能是：
对AC构建的立方无定形盒子进行几何优化时候，选择了优化晶胞（Optimize Cell）导致盒子有微小的变形。

我认为这是不收敛的主要原因。
因此我认为应当在AC和Forcite两个过程中检查优化晶胞（Optimize Cell）项目是否被勾选（AC中也有优化步骤，因此构建过程也需要检查）。

。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。
另外，关于报表中提及的力场适用性和自动参数问题。
缺失的(c4 n2z n2=)和(n2z n2= n)参数很像是叠氮会错误分配的力场类型。因此如果是叠氮基，我个人建议检查一下模型构建和力场分配问题，在COMPASSII力场里面应该是有叠氮的力场参数的。

作者
Author: hdmd 时间: 2022-2-20 01:29
强烈建议放弃MS做动力学，如果一定要用MS，解决问题的诀窍就是重新建模。。。

当然首先得确定力场分配没有问题。

作者
Author: Hing 时间: 2022-4-28 11:20

hdmd 发表于 2022-2-20 01:29
强烈建议放弃MS做动力学，如果一定要用MS，解决问题的诀窍就是重新建模。。。

当然首先得确定力场分配没 ...

请问不建议用MS的原因是什么呢？那建议使用什么来做呢？新手小白，刚接触MD，求大佬指教指教

作者
Author: hdmd 时间: 2022-4-28 12:14

Hing 发表于 2022-4-28 11:20
请问不建议用MS的原因是什么呢？那建议使用什么来做呢？新手小白，刚接触MD，求大佬指教指教

MS的问题
1. 计算速度极慢
2. 导入其它力场极其麻烦
3. 提供一些后处理方法，但是自定义后处理十分困难（文件形式复杂且无意义）
4. 难以完成较为复杂的模拟过程（比如做一些非平衡态模拟和外加作用下的模拟）
5. 不直接操作文件内容不利于对分子动力学本质的理解
6. 其它软件插件也难以内置，程序不能修改（如Metadynamics）
7. 看起来易用，稍微懂一点发现反而难用
8. 贵
总结：又贵又弱
第一个MD软件推荐：Gromacs、lammps、NAMD三选一，学会一个其它基本也没啥问题，不过是文件格式和运行命令不同

作者
Author: Hing 时间: 2022-4-28 15:21

hdmd 发表于 2022-4-28 12:14
MS的问题
1. 计算速度极慢
2. 导入其它力场极其麻烦

好的，谢谢指教！

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