(3) 因为当前计算了protein-DNA作用的一个体系，在做能量分解时发现相离DNA很远的带电氨基酸的值都很大(这种没有在界面作用的氨基酸按道理说贡献的能量很弱或几乎为0才是，很疑惑因此有了上面的两个问题），而且MM/PBSA方法算出的vdW和elec与MD的计算结果相当不一致。究竟是什么原因会导致这种情况出现？
(4) 有关g_mmpbsa初始文献中在描述polar solvation energy计算成分有这样一段话：
"The PB equation is a secondorder nonlinear elliptic partial differential equation. For the case of ϕ (r) ≪ kT, sinh[ϕ(r)] ≈ ϕ(r), the PB equation becomes linear. However, for highly charged systems, the use of the nonlinear PB equation is necessary."
意思是说一般的使用泊松-玻尔兹曼方程求解polar energy时，PB方程成线性；但对于富含带电氨基酸的系统，使用非线性的PB方程求解很有必要。
这个非线性的PB方程需要如何实现，是需要人为给定哪些参数来设置还是程序可以自动判别highly带电体系来求解？