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标题: 在跑NVT的时候莫名停止了 [打印本页]

作者
Author: ycmingjing 时间: 2020-4-2 10:19
标题: 在跑NVT的时候莫名停止了
这个是我的设置参数，其他都是默认
my $results = Modules->Forcite->Dynamics->Run($doc, Settings(
CurrentForcefield => "COMPASSII",
AssignForcefieldTypes => "Yes",
Ensemble3D => "NVT",
Temperature => 1000,
NumberOfSteps => 50000,
TrajectoryFrequency => 1000,
Thermostat => "Nose",
Barostat => "Andersen",
EnergyDeviation => 5e+020));
my $outTrajectory = $results->Trajectory;

这个是输出结果
---- Dynamics parameters ----

Ensemble                      : NVT
Temperature                   : 1000.00 K
  Control method             : Nose
  Q ratio                      : 0.0100000
Timestep                      : 1.00 fs
Number of steps                : 50000
Duration                      : 50 ps
Initial velocities             : Random
Random number seed             : 1585792138

---- Energy parameters ----

Forcefield                   : COMPASSII (Version 1.1)
Charges                      : Forcefield assigned
Electrostatic terms:
  Summation method             : Ewald
  Accuracy                   : 0.001 kcal/mol
  Buffer width                : 0.5 A

van der Waals terms:
  Summation method             : Atom based
  Truncation method          : Cubic spline
  Cutoff distance             : 12.5 A
  Spline width                : 1 A
  Long range correction       : YES
  Buffer width                : 0.5 A

Energy contributors with missing parameters:
Angle Bend                : (c4 n2z n2=)

Energy contributors using automatic parameters:
Angle Bend                : (c4 c4 n3o), (n2z n2= n)

---- Thermostat ----

Nose mass parameter, Q mass: 1341.3 kcal/mol*ps^2

作者
Author: 王寓于 时间: 2020-4-22 19:27
我用gmx跑npt也遇到这种情况了，请问您找到是什么原因吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-25 03:24

王寓于发表于 2020-4-22 19:27
我用gmx跑npt也遇到这种情况了，请问您找到是什么原因吗？

问问题时候一定要描述清楚
M$和gmx莫名其妙停止显然原因天差地别，什么具体信息也没有，你的问法不可能有人给你回答

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