计算化学公社

标题: 求助gromacs合并轨迹文件的问题 [打印本页]

作者
Author: letty 时间: 2020-4-2 12:25
标题: 求助gromacs合并轨迹文件的问题
请问各位老师，我需要计算合并后0到20ns的轨迹的RMSD，但是按照以下做计算出来的并不是合并后的而是第20ns的，有什么建议以及解决办法吗？

gmx trjconv -s md-potein-lig-solv-ions.tpr -f md-potein-lig-solv-ions.trr -o 4860-pbc-potein-19ns.trr -b 0 -e 19000
gmx trjcat -f 4860-pbc-potein-19ns.trr 19-20ns.trr -o traj_0-20ns.trr
gmx trjconv -s md-potein-lig-solv-ions.tpr -f traj_0-20ns.trr -o 4860-pbc-potein-0-20ns.xtc -pbc mol -center
gmx rms -s md-potein-lig-solv-ions.tpr -f traj_0-20ns.trr -o RMSD-md-potein-lig-solv-ions-potein-0-20ns.xvg -tu ns
gmx rms -s md-potein-lig-solv-ions.tpr -f 4860-pbc-potein-0-20ns.xtc -o RMSD-md-potein-lig-solv-ions-LIG-0-20ns.xvg -tu ns

作者
Author: letty 时间: 2020-4-2 15:00
问题已解决，只需要在gmx trjcat -f 4860-pbc-potein-19ns.trr 19-20ns.trr -o traj_0-20ns.trr 指令后加入 -settime 然后在执行界面填字母 c 等待系统运算

作者
Author: zhencheng874125 时间: 2022-5-19 05:25
谢谢，正好解决了我的问题

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)