计算化学公社

标题: 求助用于ORCA，Gaussian服务器配置 [打印本页]

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-2 19:48
标题: 求助用于ORCA，Gaussian服务器配置
大家好，最近刚刚接触计算化学的东西，下载了ORCA4.2，在自己的笔记本上跑（i9-8500，16GB内存，win10系统)，算到原子数多一点就不行了，所以想着要配一台服务器。

看了Sobereva老师推荐的配置，也跟线下的几个商家询了价，自己感觉还是云里雾里，所以到版上发帖问问大家看

我的主要问题是：（1）服务器有单路双路四路等等，每一路又有好多核，对于ORCA或者高斯来讲，跑并行计算是不是路数越多越好呢？因为我们计算的东西基本上在100-200个原子之间，会不会路数太多其实没什么太大帮助？比如，单路（28核）跟双路（每路14核）比，有啥区别呢？
（2）Intel的CPU，不同型号的核心数目不同，主频不同。有的核心多，主频低一些；有的核心少一些，主频高一些。买的时候应该选哪一种呢？

因为是刚接触这块，问的问题可能比较naive，还请大家不吝赐教

谢谢大家！

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2020-4-2 20:57
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-4-2 20:59 编辑

参考《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

（1）通常预算不高的时候单路，预算高一些的时候买双路，富得流油的时候买很多台双路。四路死鬼且选择较少；单路限制在一个CPU里，如果要把特别多的核数塞到一个CPU里，CPU又贵上去了。权衡下来是这样的

（2）大部分时候，若取[主频*核数]这个数值不变，通常选高主频低核数的CPU要比低主频高核数贵得多很多。但是，如果主频特低、核数很多，虽然价格便宜，但是受到并行效率限制有算力损失，又不划算了。中间也有个大致的平衡点，大概是全核turbo到2.5~3.0G的样子（注意不是官网上写的Maximum Turbo Frequency，那一般是只用一个核的时候的turbo）。（网上有说法说高斯一定要买主频特高的CPU，这是胡说八道。）

作者
Author: lao7 时间: 2020-4-2 21:43
根本就没有什么犹豫的。在预算充足的情况下，就买贵的。预算不充足，在有限的预算里面就买承受力最大的那款CPU，最重要的买当前的上一代比较划算点。不一定买最新一代。当然预算充足的土豪另说了。因为这玩意更新换代特别快。

作者
Author: monoyu 时间: 2020-4-2 22:09
本帖最后由 monoyu 于 2020-4-3 16:32 编辑

最近价格貌似有调整，3647平台的常见高性价比型号整理了下，仅供参考

作者
Author: abin 时间: 2020-4-2 23:16
核心越多越快是一个美好的梦。。。
早些年，主频高的E3还是很有优势的。不过现在PC级别的处理器也有主频高核心多的，价格适中，用起来也不错哦。

现在买处理器，基本都18核心起步了。至少弄一台双路服务器吧，就是一个主板上有两颗处理器的。

我用Gaussian16/ORCA/TD-DFT以及配合NetCDF读写的部分计算，
发现搭配高规格读写磁盘情况下，CPU主频高的情形下，计算较快。不代表所有情形都适用哦。仅供参考。

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 09:44

liyuanhe211 发表于 2020-4-2 20:57
参考《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

（1）通常预算不高的时候单路，预算高一些的时候 ...

谢谢！好多疑惑解开了

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 09:46

lao7 发表于 2020-4-2 21:43
根本就没有什么犹豫的。在预算充足的情况下，就买贵的。预算不充足，在有限的预算里面就买承受力最大的那款 ...

主要是对怎么评价性能不算太清楚，因为之前不太接触这块，贸然出手有可能变成待宰的肥羊了……

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 09:47

monoyu 发表于 2020-4-2 22:09
最近价格貌似有调整，3647平台的常见高性价比型号整理了下，仅供参考

谢谢！

作者
Author: zhangshuo420 时间: 2020-4-3 10:28
你要是简单的跑运算程序，优先选择线程数多的CPU，跑起程序，多个线程分担，速度你比较快。

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 10:53

abin 发表于 2020-4-2 23:16
核心越多越快是一个美好的梦。。。
早些年，主频高的E3还是很有优势的。不过现在PC级别的处理器也有主频 ...

谢谢！因为刚接触这块，就用orca操练起来了，对orca并行计算和对电脑的要求都不太熟悉，担心花冤枉钱。就像sob老师置顶的帖子说的那样，怕花了好多钱，买了一个性能不太好的机器，扔在那里浪费，用的话心里也堵

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 11:20

zhangshuo420 发表于 2020-4-3 10:28
你要是简单的跑运算程序，优先选择线程数多的CPU，跑起程序，多个线程分担，速度你比较快。

但是刚刚我正好在看sob老师的文章（http://sobereva.com/392），线程的影响好像不太大？

作者
Author: zhangshuo420 时间: 2020-4-3 13:54

rabbitkiller 发表于 2020-4-3 11:20
但是刚刚我正好在看sob老师的文章（http://sobereva.com/392），线程的影响好像不太大？

虽然没装过这些软件进行测试过，但我看你推的文章，他的意思应该是HI开启和关闭对CPU线程数的影响吧！他是把cpu当参照物，线程数的HI当分析对象。和你现在要买个服务器来跑程序，还差一步啊！

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-3 16:33

zhangshuo420 发表于 2020-4-3 13:54
虽然没装过这些软件进行测试过，但我看你推的文章，他的意思应该是HI开启和关闭对CPU线程数的影响吧！他 ...

OK，所以基本上就是往主频高，核数高，线程多，全核睿频高了选，如果要考虑经济性就是在这几个因素里面权衡。

ps:级别低，回不了短消息，见谅

作者
Author: lao7 时间: 2020-4-3 17:16

rabbitkiller 发表于 2020-4-3 09:46
主要是对怎么评价性能不算太清楚，因为之前不太接触这块，贸然出手有可能变成待宰的肥羊了……

Intel本身就是按照综合性能定的价格。他们的评定比你看到的评定，权威百倍。我们的机器都是自己买配件装的。放心吧！

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-14 19:37
自己回来再踩一下，入了社长推荐的8173M的那套配置，淘宝买的，目前正在优化一个75个原子的体系，用b3lyp/def2-svp，算起来飞快！

还有就是同样的体系算频率，192GB内存居然是刚刚够用（开了grid5和gridx 5），这个真的挺让我吃惊的。

总体来看这个配置还是性价比很高的，问了问戴尔，价格没到2倍，不过也快了

再次感谢大家的帮助！

作者
Author: osirisurf 时间: 2020-4-27 22:32

rabbitkiller 发表于 2020-4-14 19:37
自己回来再踩一下，入了社长推荐的8173M的那套配置，淘宝买的，目前正在优化一个75个原子的体系，用b3lyp/d ...

发我一下链接，我也去整一台

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-4-28 06:20

osirisurf 发表于 2020-4-27 22:32
发我一下链接，我也去整一台

是博文中举例子时候提到的那一家

作者
Author: osirisurf 时间: 2020-4-28 08:27

rabbitkiller 发表于 2020-4-28 06:20
是博文中举例子时候提到的那一家

谢谢

作者
Author: dongdong 时间: 2020-5-27 21:56

rabbitkiller 发表于 2020-4-14 19:37
自己回来再踩一下，入了社长推荐的8173M的那套配置，淘宝买的，目前正在优化一个75个原子的体系，用b3lyp/d ...

您好，最近导师叫我选购一台服务器，能否给下您的联系方式，我询问下您是如何购买的服务器。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-5-27 22:02

rabbitkiller 发表于 2020-4-14 19:37
自己回来再踩一下，入了社长推荐的8173M的那套配置，淘宝买的，目前正在优化一个75个原子的体系，用b3lyp/d ...

可以冒昧的问一下，你入手价格吗？

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-5-27 22:43

风飞发表于 2020-5-27 22:02
可以冒昧的问一下，你入手价格吗？

含税3W出头

作者
Author: rabbitkiller 时间: 2020-5-27 22:44

dongdong 发表于 2020-5-27 21:56
您好，最近导师叫我选购一台服务器，能否给下您的联系方式，我询问下您是如何购买的服务器。

我是看社长的博文(http://sobereva.com/444)，然后就按照上面的配置就买了。

作者
Author: 风飞 时间: 2020-5-27 22:45

rabbitkiller 发表于 2020-5-27 22:44
我是看社长的博文(http://sobereva.com/444)，然后就按照上面的配置就买了。

嗯，好的，谢谢哈，我最近问的也差不多

作者
Author: 风飞 时间: 2020-5-28 10:53

liyuanhe211 发表于 2020-4-2 20:57
参考《计算化学购机配置推荐》http://sobereva.com/444

（1）通常预算不高的时候单路，预算高一些的时候 ...

老师，您好，可以麻烦您帮我看看我这个配置吗？http://bbs.keinsci.com/thread-17670-1-1.html#pid119547根据您说的，若取[主频*核数]这个数值不变，通常选高主频低核数，那是不是8171M更合适呢？您说高主频低核数的CPU要比低主频高核数贵得多很多，可是不知道我的8171M报价又比8173M的低几千块，弄得感觉心里有些忐忑，还请您指教

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