计算化学公社

标题: 运行grompp时出现atomtype xxxxx not found求助 [打印本页]

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-4-3 12:41
标题: 运行grompp时出现atomtype xxxxx not found求助
我用的gromacs版本是2019.6版本。我在运行grompp进行npt模拟的时候，如果将atomtypes单独拿出来使用include的方式注释在top文件中，则就出现invalid order for directive atomtypes。我按照之前有人的提问和解决方案，在top文件中依次写下 [ defaults ]

[ atomtypes ]
分子1的信息
分子2的信息

[ atoms ]
分子1的信息
分子2的信息

[bonds]
分子1的信息
分子2的信息
......

这时候则会出现atomtype xxxxx not found，我用的是opls力场，我在对应atp和ffbonded.itp文件中也对应输入我的参数信息，可是还是无法成功。求助各位大佬的帮助！！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-3 13:13
显然是[atoms]里用到的原子类型在[atomtypes]里没有定义，看看是否少include东西了。如果用的分子的力场信息里用到的原子类型中某些是第三方的人扩展的，按照其说明把需要include的文件include进去

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-4-3 19:01

sobereva 发表于 2020-4-3 13:13
显然是[atoms]里用到的原子类型在[atomtypes]里没有定义，看看是否少include东西了。如果用的分子的力场信 ...

sobereva老师好，我试了很多include oplsaa.ff/atomtypes.itp也还是不行。

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-4-3 20:24

sobereva 发表于 2020-4-3 13:13
显然是[atoms]里用到的原子类型在[atomtypes]里没有定义，看看是否少include东西了。如果用的分子的力场信 ...

soberva老师，我的问题解决了。就是随后给了我一个note和warm.。note说我的非零电荷不为整数。warn让我加反离子，但是我体系不想带其他离子，这会不会影响mdrun最后平衡，还有再不改gro文件中charge数，还有什么办法可以使得非零电荷为整数？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 04:48

DwyaneWan 发表于 2020-4-3 20:24
soberva老师，我的问题解决了。就是随后给了我一个note和warm.。note说我的非零电荷不为整数。warn让我加 ...

在PME及类似方式下计算静电作用必须令盒子里净电荷为0。如果偏差是来自于分子中原子电荷的数值误差，自己修正一下就完了，如果是整数的偏离，只能加抗衡离子，要么不用PME（即用cutoff方式，必要时再考虑GB模型）

作者
Author: DwyaneWan 时间: 2020-4-4 21:50

sobereva 发表于 2020-4-4 04:48
在PME及类似方式下计算静电作用必须令盒子里净电荷为0。如果偏差是来自于分子中原子电荷的数值误差，自己 ...

sobereva，我再设置pull的时候总是出现如图中的error

我的pull 参数也不听修改，可是还是不行，麻烦老师帮我看下呢，感激不尽。

作者
Author: Minnie 时间: 2020-7-23 19:40
请问楼主 Atomtype xxx not found 这个是怎么解决的呢，万分感谢。

作者
Author: yyy1996 时间: 2020-7-24 10:41

Minnie 发表于 2020-7-23 19:40
请问楼主 Atomtype xxx not found 这个是怎么解决的呢，万分感谢。

在所用的力场里面的atomtype添加相对应的原子类型即可

作者
Author: zzxmolecular 时间: 2023-12-20 11:58

yyy1996 发表于 2020-7-24 10:41
在所用的力场里面的atomtype添加相对应的原子类型即可

请问添加原子类型需要在哪个网站找其信息吗，因为我用的力场缺两种原子类型我直接把itp文件里的原子类型信息填进去了，结果还是一样，望您解答谢谢

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