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标题: 求问在GROMACS中如何基于密度分布算液滴在固体表面的接触角 [打印本页]

作者
Author: Tonidiswy 时间: 2020-4-3 17:26
标题: 求问在GROMACS中如何基于密度分布算液滴在固体表面的接触角
Sob老师好，各位老师好，我想算一个三维的液滴在固体表面的接触角，需要界定液滴的表面在哪里，也即气相/液相的分界线在哪里。我看文献上说可以把密度达到体相液体密度50%的点作为气相/液相的分界点，这样就能基于密度统计来确定液滴在某一切面的二维轮廓，进而拟合出接触角。请问在GROMACS中可以定义类似50%的密度统计分界吗？然后输出二维轮廓。我试了gmx density和gmx densmap等，暂时也没找到好的方法。请问有老师做过类似的研究吗？是基于GROMACS的吗？还是必须后续再处理？谢谢。

作者
Author: diaok 时间: 2020-4-3 19:23
液滴本身就不好办要三维的密度分布

简化到二维用density之类可以做

作者
Author: Tonidiswy 时间: 2020-4-3 19:49

diaok 发表于 2020-4-3 19:23
液滴本身就不好办要三维的密度分布

简化到二维用density之类可以做

谢谢。请问所谓的二维是在建模时候就设置为圆柱而不是球形？

作者
Author: diaok 时间: 2020-4-3 20:40

Tonidiswy 发表于 2020-4-3 19:49
谢谢。请问所谓的二维是在建模时候就设置为圆柱而不是球形？

是我想岔了
比如两个平板夹的接触角，可以简化模型
不过还是一样要三维的信息
除非按平均密度处理，直接取理想边界，可以少需要一维信息
密度一半的是另一种边界

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-4 04:32
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计，把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来，拟合成一个光滑曲面，然后就能计算夹角。
不过如果是我的话我不去用densmap，情愿花几分钟自己用VMD写个tcl脚本，处理起来方便。

作者
Author: Tonidiswy 时间: 2020-4-4 12:25

sobereva 发表于 2020-4-4 04:32
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计，把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来，拟合成一个光滑 ...

非常感谢，我试一下

作者
Author: bxc 时间: 2023-10-31 15:30

sobereva 发表于 2020-4-4 04:32
借助densmap可以。取液滴的一个截面统计，把里面和体相密度0.5倍很接近的点的坐标提取出来，拟合成一个光滑 ...

请问老师，tcl如何实现这个功能，主要不懂的点在于tcl如何提取密度来计算界面位置的那，恳请老师说一下思路，万分感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-1 08:38

bxc 发表于 2023-10-31 15:30
请问老师，tcl如何实现这个功能，主要不懂的点在于tcl如何提取密度来计算界面位置的那，恳请老师说一下思 ...

计算接触角现在有现成的程序可以用：ContactAngleCalculator，比自己写程序省事多了
https://doi.org/10.1021/acs.jcim.2c00408
我没用过，有问题的话可以联系作者

作者
Author: bxc 时间: 2023-11-1 10:40

sobereva 发表于 2023-11-1 08:38
计算接触角现在有现成的程序可以用：ContactAngleCalculator，比自己写程序省事多了
https://doi.org/10 ...

谢谢老师推荐，我重点不是关注接触角，问这个问题是抛砖引玉了，我还是想请老师简单说说，因为我正在学习tcl语言分析gmx结果，对于这个问题没有好的思路，不知道从何写起，想请老师讲解开阔一下编程思路，万分感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-11-1 15:43

bxc 发表于 2023-11-1 10:40
谢谢老师推荐，我重点不是关注接触角，问这个问题是抛砖引玉了，我还是想请老师简单说说，因为我正在学习 ...

北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）专门有一节超级详细全面讲授VMD tcl脚本的编写

作者
Author: herbrex 时间: 2024-2-29 15:58

sobereva 发表于 2023-11-1 08:38
计算接触角现在有现成的程序可以用：ContactAngleCalculator，比自己写程序省事多了
https://doi.org/10 ...

您好sob老师，我现在正在学习如何使用这个程序，但是这个程序要求输入dcd文件和psf文件，这两个文件在gromacs中不常用，我目前的想法是利用vmd去把xtc文件转换为dcd文件，另外利用我的蛋白质构型文件去在vmd的autoPSFbuilder去生成psf文件，但是在使用autoPSFbuilder过程中显示我缺少了一部分必要的文件。请问如何去补充这些必要文件呢？报错信息我复制在下方：
Info) Analyzing structure ...
Info) Atoms: 61936
Info) Bonds: 59878
Info) Angles: 0 Dihedrals: 0 Impropers: 0 Cross-terms: 0
Info) Bondtypes: 1 Angletypes: 0 Dihedraltypes: 0 Impropertypes: 0
Info) Residues: 4998
Info) Waters: 0
Info) Segments: 1
Info) Fragments: 4998 Protein: 0 Nucleic: 0
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_other.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_other.pdb of type pdb for writing frames.
Autopsf: Updating structures
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_ion.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_ion.pdb of type pdb for writing frames.
Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_water.pdb for writing
ERROR) Unable to open file {D:\keyanAPP\VMD\123_autopsf_preformat_water.pdb of type pdb for writing frames.
恳请sob老师指导！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-2-29 23:36

herbrex 发表于 2024-2-29 15:58
您好sob老师，我现在正在学习如何使用这个程序，但是这个程序要求输入dcd文件和psf文件，这两个文件在gro ...

用parmED转成psf。用VMD把轨迹转成dcd

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