大家好,我利用molclus旋转联噻吩中间的单键(0度为两个硫同向的构象),二面角每5度转一次,在极值点附近每1度转一次,做每个构象的单点,最终41度(单点能FINAL SINGLE POINT ENERGY为-1105.139568015936)、149度(-1105.139434170012)为极值,从这个结果上看,能不能说41度二面角的构象较149度二面角构象更稳定?我用同样的泛函同样的基组以41和149度为起始进行opt优化,最终二面角不仅和前述构象搜索得到的二面角差距较大(>5度)并且最终两种构象的单点能反了过来,149度反而负值更负。这样的话我在最终判断其稳定构象的时候该以哪个为准,或者说哪个才是贴近真实的呢,另外一个方法的问题又在哪里呢?
泛函我试过b97-3c,wB97XD3,结果都是如上所述,后来使用wB97M-D3BJ做构象搜索的单点计算,结果也是一样的。