计算化学公社

标题: 一个关于BCP的作图问题 [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-9-3 19:49
标题: 一个关于BCP的作图问题
本帖最后由 lastzealot 于 2015-9-3 20:12 编辑

sob老师，我用multiwfn中topology按照手册中说的计算(3,-3)NCP和(3,-1)BCP，然后做成图形后发现，有一些magenta紫红色的点落在了原子的外面，有的还挺远；有些黄色的点的位置也明显不对。请问这是怎么回事？怎样才能解决？
谢谢sob老师。

作者
Author: youyno 时间: 2015-9-3 20:29
因为用了赝势，详情可以参阅SOB在赝势下做波函数分析的一些说明http://sobereva.com/156

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-9-3 21:16

youyno 发表于 2015-9-3 20:29
因为用了赝势，详情可以参阅SOB在赝势下做波函数分析的一些说明http://sobereva.com/156

谢谢，可是我用的是铀的小核赝势ECP60MWB，其非常内层的电子才被冷冻住，价层及其内部的基层都没有冷冻；而且图中最上面咖啡色的原子为U，下面的都是轻原子（未做赝势，都是6-31G*基组）。

您给我推荐的那篇文章我看了，谢谢您，但是还不知道应该如何解决。

作者
Author: youyno 时间: 2015-9-3 23:18
从Multiwfn 3.2.1版开始，支持“借用”.wfx文件里的内核密度的功能。也就是说，你要分析一个.wfn/.fch/.molden格式（或Gaussian以外的程序产生的不带EDF字段的.wfx文件）记录的体系，计算过程中用到了赝势，你苦于其中没有内核密度信息。然而，如前面所述，G09带着赝势计算产生的.wfx文件里通过EDF字段却表达了内层电子密度信息。在Multiwfn里，就可以把G09产生的原子体系带着赝势得到的.wfx文件中的EDF字段描述的内层密度给挪用到你的体系中，于是乎，即便你用别的程序带着赝势计算，内层密度也能照样表达出来了，而不必非得用G09算你的体系来生成.wfx文件。具体怎么做见Multiwfn手册5.7节。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-9-4 02:10
你对硫也用了赝势？否则不会出现下方那种情况。

当原子的所有电子都表现的时候，(3,-3)都基本在原子核位置上。但当你用了赝势，内核电子没有了，而价层电子为了成键，会在局部凝聚，就导致在价层的位置上可能出现一个或多个(3,-3)。

最简单的做法就是用out=wfx关键词得到wfx文件作为Multiwfn的输入文件，此时被赝化的内核电子通过高斯函数拟合来表现，就不会有这种情况。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-9-4 08:23
本帖最后由 lastzealot 于 2015-9-4 09:23 编辑

sobereva 发表于 2015-9-4 02:10
你对硫也用了赝势？否则不会出现下方那种情况。

当原子的所有电子都表现的时候，(3,-3)都基本在原子核位 ...

谢谢老师

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-9-4 08:24

sobereva 发表于 2015-9-4 02:10
你对硫也用了赝势？否则不会出现下方那种情况。

当原子的所有电子都表现的时候，(3,-3)都基本在原子核位 ...

谢谢老师，我用wfx的方法试一下

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