计算化学公社

标题: 关于拟合二面角势能参数和RESP电荷计算对比的求助 [打印本页]

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Author: 北京的大猫 时间: 2020-4-4 17:41
标题: 关于拟合二面角势能参数和RESP电荷计算对比的求助
sob老师及各位前辈好，最近遇到两个有关力场开发的问题，希望得到大家的帮助：

1.关于Amber力场的二面角参数拟合，看过sob老师的解答(http://bbs.keinsci.com/thread-1404-1-1.html)，对于一个特定的二面角(x1-x2-x3-x4),首先采用量子力学方法进行柔性势能面扫描得到分子的总能量E_total,然后在MM中设置该二面角的参数为0，得到包括vdw,键伸缩等在内的E_other,然后拟合两者的差值，但若分子中存在多个需要拟合的二面角(如x5-x6-x7-x8等)，在计算E_other时应如何设置MM中5-6-7-8的二面角参数呢？
2.关于RESP电荷的计算，在采用的量化计算的基组和方法等相同的情况下，我当前计算的关于一个咪唑基离子液体的RESP电荷文献给出的数值不一样，以两个N原子为例，文献给出的分别为0.0596和0.0682，而我利用antechamber结果为0.169666和0.240303,利用Multiwfn的结果为0.135062和0.162292，其他atom charge和文献也有类似的差异(用antechamber 计算的RESP偶极矩和文献值吻合，opt之后的键长键角数据和文献也吻合)，请问这种差异合理吗？

MD小白一枚，冒昧之处，请见谅。：）

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Author: sobereva 时间: 2020-4-5 14:56
1 不用管其它部分的成键项参数，你的目的是得到x1-x2-x3-x4旋转时1-4之间范德华作用和经典作用对旋转曲线的影响，把这部分从量化扫描曲线中扣除即可，其它部分MM参数和这个没关系。

2 可能有些细节原文里没说清楚，最好问作者
Multiwfn与antechamber之间的差异看
关于为什么Multiwfn算的出RESP电荷与Antechamber的有所差异
http://sobereva.com/516（http://bbs.keinsci.com/thread-14769-1-1.html）

作者
Author: 北京的大猫 时间: 2020-4-5 21:25

sobereva 发表于 2020-4-5 14:56
1 不用管其它部分的成键项参数，你的目的是得到x1-x2-x3-x4旋转时1-4之间范德华作用和经典作用对旋转曲线的 ...

sob老师，对于第一个问题，也就是说量化方法势能面扫描x1-x2-x3-x4得到能量不包括二面角项x5-x6-x7-x8项的能量？只是包括1-4vdw作用，经典作用和二面角项x1-x2-x3-x4这三部分能量？如果是这样，我就明白了。

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-6 20:43

北京的大猫发表于 2020-4-5 21:25
sob老师，对于第一个问题，也就是说量化方法势能面扫描x1-x2-x3-x4得到能量不包括二面角项x5-x6-x7-x8项 ...

如果你构建的模型体系恰当的话，x1-x2-x3-x4旋转并不会直接（或者显著）牵扯到x5-x6-x7-x8的势能变化

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Author: 北京的大猫 时间: 2020-4-7 08:58

sobereva 发表于 2020-4-6 20:43
如果你构建的模型体系恰当的话，x1-x2-x3-x4旋转并不会直接（或者显著）牵扯到x5-x6-x7-x8的势能变化

sob老师，请问您，那我应该如何确定自己的模型体系是否恰当呢？

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Author: sobereva 时间: 2020-4-8 07:45

北京的大猫发表于 2020-4-7 08:58
sob老师，请问您，那我应该如何确定自己的模型体系是否恰当呢？

参考搞力场的文献的作者的做法，结合基本计算化学常识和直觉

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Author: 北京的大猫 时间: 2020-4-8 14:52

sobereva 发表于 2020-4-8 07:45
参考搞力场的文献的作者的做法，结合基本计算化学常识和直觉

明白了，谢谢sob老师！

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