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标题: 关于cp2k输出的mulliken文件的分析问题 [打印本页]

作者
Author: Flights 时间: 2020-4-5 10:30
标题: 关于cp2k输出的mulliken文件的分析问题
下图是我把用cp2k计算MD中的一个片段截取出来做mulliken分析的结果输出，就想请教一下各位大佬，该怎么分析这个输出数据？

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-5 15:04
仔细看《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）了解原子电荷的基本常识
并且阅读此文了解什么叫自旋布居
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353（http://bbs.keinsci.com/thread-4422-1-1.html）

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-28 16:36
社长大大，《原子电荷计算方法的对比》文章中mulliken电荷部分的原子电荷就是CP2K导出的Net charge对吧。如果net charge是负的代表该原子得到电子对吧？

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-28 16:38
我按照上面提出的理解，发现mulliken结果和我其他计算结果是完全相反的

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-28 17:55

sobereva 发表于 2020-4-5 15:04
仔细看《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）了解原 ...

求助社长大大，问题在上面

作者
Author: Eudaimonia 时间: 2022-7-28 18:13

jiejie 发表于 2022-7-28 16:38
我按照上面提出的理解，发现mulliken结果和我其他计算结果是完全相反的

Mulliken 电荷存在一些严重问题: (1) 交叉项平分的做法物理意义不严格, 没有考虑到原子间的差异性; (2) 基组依赖性非常大. 尤其是使用大基组、含弥散函数基组的情况下问题更为明显

社长文章里有说

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-28 18:22

Eudaimonia 发表于 2022-7-28 18:13
Mulliken 电荷存在一些严重问题: (1) 交叉项平分的做法物理意义不严格, 没有考虑到原子间的差异性; (2) ...

嗯嗯，谢谢回复，我觉得应该有点问题。那如果直接将态密度积分到费米面，这种方法比较可靠吗？另外，CP2K的input文件中可以写入&PRINT &E_DENSITY_CUBE 然后得到电子密度图，那个图靠谱吗？我通过该电子图看出石墨烯衬底上电子密集的地方，mulliken net charge反而是正的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 19:15

jiejie 发表于 2022-7-28 17:55
求助社长大大，问题在上面

提问时候一次性说完整，别分好几个回帖零零散散的描述

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-28 19:16

jiejie 发表于 2022-7-28 18:22
嗯嗯，谢谢回复，我觉得应该有点问题。那如果直接将态密度积分到费米面，这种方法比较可靠吗？另外，CP2K ...

用Multiwfn基于CP2K的波函数算CM5电荷，远比Mulliken电荷强得多

按下文产生molden文件
使用Multiwfn结合CP2K通过NCI和IGM方法图形化考察固体和表面的弱相互作用
http://sobereva.com/588（http://bbs.keinsci.com/thread-21742-1-1.html）

然后用Multiwfn主功能7的相应子功能计算CM5电荷

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-28 21:56

sobereva 发表于 2022-7-28 19:16
用Multiwfn基于CP2K的波函数算CM5电荷，远比Mulliken电荷强得多

按下文产生molden文件

嗯嗯！感谢社长！

作者
Author: jiejie 时间: 2022-7-30 11:46

sobereva 发表于 2022-7-28 19:16
用Multiwfn基于CP2K的波函数算CM5电荷，远比Mulliken电荷强得多

按下文产生molden文件

社长大大，我用7，16计算了cm5电荷得到了chg文件，应该如何做进一步做占据数分析呢，文件也看不懂。第一次用multiwfn，找了些帖子看但没搞懂

作者
Author: sobereva 时间: 2022-7-31 03:45

jiejie 发表于 2022-7-30 11:46
社长大大，我用7，16计算了cm5电荷得到了chg文件，应该如何做进一步做占据数分析呢，文件也看不懂。第一 ...

原子电荷 = 原子核电荷数 - 原子所带电子数
如果你想得到各个原子轨道的占据数，光是计算诸如CM5这样的原子电荷是没用的，原子电荷是对整个原子而言的。
得到各个原子轨道的占据数可以用Multiwfn做Mulliken分析，参考
利用布居分析判断基函数与原子轨道的对应关系
http://sobereva.com/418（http://bbs.keinsci.com/thread-10094-1-1.html）

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-3-20 22:24
您好，请问输入什么关键词能够给出mulliken电荷呢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-24 05:27

lihao2690 发表于 2023-3-20 22:24
您好，请问输入什么关键词能够给出mulliken电荷呢

Multiwfn创建CP2K输入文件界面里有个选项是计算原子电荷，里面选上Mulliken。另外，PRINT_LEVEL MEDIUM的时候也默认会输出。顺带一提，用Multiwfn载入CP2K的molden文件做Mulliken布居分析，能得到远比Mulliken原子电荷更丰富的信息。

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-3-30 10:29

sobereva 发表于 2022-7-28 19:16
用Multiwfn基于CP2K的波函数算CM5电荷，远比Mulliken电荷强得多

按下文产生molden文件

谢谢sob老师，发现跑MD的话产生molden文件会使计算速率降低一倍左右，另外每一步会产生一个molden文件，这些如何在multiwfn中进行批处理呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 05:18

lihao2690 发表于 2023-3-30 10:29
谢谢sob老师，发现跑MD的话产生molden文件会使计算速率降低一倍左右，另外每一步会产生一个molden文件， ...

显然不应当每一步都产生，又降低速度又浪费硬盘又毫无必要

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-4-1 10:30

sobereva 发表于 2023-4-1 05:18
显然不应当每一步都产生，又降低速度又浪费硬盘又毫无必要

详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的 ...

您说的确实如此，我发现如果每步都产生molden文件，计算速度会降低一倍。我是想看电荷随时间的演化，是不是必须每一步都生成molden呢？如果是这样，我如何提高运行效率呢？谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-2 04:44

lihao2690 发表于 2023-4-1 10:30
您说的确实如此，我发现如果每步都产生molden文件，计算速度会降低一倍。我是想看电荷随时间的演化，是不 ...

每隔一定步数产生一次就行了，比如10步一次。步长通常都很小，在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-4-3 11:05

sobereva 发表于 2023-4-2 04:44
每隔一定步数产生一次就行了，比如10步一次。步长通常都很小，在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。

好的，谢谢sob老师

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-4-18 15:28

sobereva 发表于 2023-4-2 04:44
每隔一定步数产生一次就行了，比如10步一次。步长通常都很小，在极短尺度内原子电荷变化不会很显著。

sob老师，每隔一定步数产生一次，关键词怎么写呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-19 04:27

lihao2690 发表于 2023-4-18 15:28
sob老师，每隔一定步数产生一次，关键词怎么写呢？

参考北京科音CP2K第一性原理培训班的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 10)

作者
Author: lihao2690 时间: 2023-4-20 14:40

sobereva 发表于 2023-4-19 04:27
参考北京科音CP2K第一性原理培训班的ppt

收到，感谢

作者
Author: chen0201 时间: 2023-8-28 15:49
本帖最后由 chen0201 于 2023-8-28 15:52 编辑

sobereva 发表于 2020-4-5 15:04
仔细看《原子电荷计算方法的对比》（http://www.whxb.pku.edu.cn/CN/abstract/abstract27818.shtml）了解原 ...

请问老师，我是用cp2k得到的molden文件按照您的帖子操作的，但是就是得不到您帖子和楼主这样的结果，请问是什么原因呢？文件太大，无法上传，附上图片

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 16:53

chen0201 发表于 2023-8-28 15:49
请问老师，我是用cp2k得到的molden文件按照您的帖子操作的，但是就是得不到您帖子和楼主这样的结果，请问 ...

语义不明
如果你是指看不到alpha和beta电子布居数，那是因为当前体系是闭壳层的
另外，total net charge数值那么离谱，明显你没按照下文对molden文件做恰当的修改
详谈使用CP2K产生给Multiwfn用的molden格式的波函数文件
http://sobereva.com/651（http://bbs.keinsci.com/thread-31827-1-1.html）

作者
Author: chen0201 时间: 2023-8-28 17:22
本帖最后由 chen0201 于 2023-8-28 17:25 编辑

sobereva 发表于 2023-8-28 16:53
语义不明
如果你是指看不到alpha和beta电子布居数，那是因为当前体系是闭壳层的
另外，total net charg ...

谢谢老师回复，我是指结果没有得到自旋布居的值。另外因为文件太大了，无法直接打开更改参数导致的，请问老师，不更改直接看原子布居可以吗？我只是想得到加入体系的额外电子的分布，想看看原子布居数的。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-8-28 19:59

chen0201 发表于 2023-8-28 17:22
谢谢老师回复，我是指结果没有得到自旋布居的值。另外因为文件太大了，无法直接打开更改参数导致的，请问 ...

闭壳层波函数当然不输出自旋布居，全都为0输出有什么意思。Multiwfn不做这么无意义的事

不可能无法打开，ultraedit打开几GB的文件也就瞬间的事

作者
Author: chen0201 时间: 2023-8-28 21:20

sobereva 发表于 2023-8-28 19:59
闭壳层波函数当然不输出自旋布居，全都为0输出有什么意思。Multiwfn不做这么无意义的事

不可能无法打 ...

谢谢老师，已经完成了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)