计算化学公社

标题: 求助：遇到未见过的高斯报错 [打印本页]
作者
Author: Q-Chembio-llg    时间: 2020-4-5 17:43
标题: 求助：遇到未见过的高斯报错
(, 下载次数 Times of downloads: 27) 今天跑高斯的时候遇到了这个没见过的报错，想请大家帮我看看问题出在哪里，谢谢大家！
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2020-4-5 20:06
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html
作者
Author: Q-Chembio-llg    时间: 2020-4-5 21:01
liyuanhe211 发表于 2020-4-5 20:06
http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

非常感谢您不过这个帖子好像被删了
作者
Author: liyuanhe211    时间: 2020-4-5 22:06
本帖最后由 liyuanhe211 于 2020-4-5 22:09 编辑
Q-Chembio-llg 发表于 2020-4-5 21:01
非常感谢您不过这个帖子好像被删了

过一段时间再看就有了。刚才修改了一下需等Sob审核。相关部分内容如下：


  1. Structure from the checkpoint file:  "sideroidide_CS_1_opt.chk"
  2. FileIO operation on non-existent file.
  3. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -584 Len=          36 IPos=           0 Q=   47012767336112


  6. dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    33 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  7.                    defal = T LstWrd =     1206272 FType=2 FMxFil=10000

  9. Number              0           501           502           503           507           511
  10. Base           216576         43520         72192        180736        181760        196608
  11. End           1206272         44520         76297        180821        181925        197835
  12. End1          1206272         44544         76800        181248        182272        198144
  13. Wr Pntr        216576         43520         72192        180736        181760        196608
  14. Rd Pntr        216576         44520         72192        180736        181760        196608
  15. Length         989696          1000          4105            85           165          1227

  17. Number            551           552           561           562           575           579
  18. Base           213504        212480        214016        205824        183808        212992
  19. End            213542        212501        214017        212016        196499        213016
  20. End1           214016        212992        214528        212480        196608        213504
  21. Wr Pntr        213504        212480        214016        205824        183808        212992
  22. Rd Pntr        213504        212480        214016        205824        183808        212992
  23. Length             38            21             1          6192         12691            24

  25. Number            598           603           665           672           674           698
  26. Base            76800        216064        181248        183296        182784        215040
  27. End             76802        216065        181684        183506        182924        215112
  28. End1            77312        216576        181760        183808        183296        215552
  29. Wr Pntr         76800        216064        181248        183296        182784        215040
  30. Rd Pntr         76800        216064        181248        183296        182784        215040
  31. Length              2             1           436           210           140            72

  33. Number            700           701           730           761           801           989
  34. Base           215552        198144        182272        214528        180224         44544
  35. End            215842        205553        182514        214529        180230         64544
  36. End1           216064        205824        182784        215040        180736         65024
  37. Wr Pntr        215842        198144        182272        214528        180224         44544
  38. Rd Pntr        215552        198144        182502        214528        180224         44544
  39. Length            290          7409           242             1             6         20000

  41. Number            991           992           993           994           995           996
  42. Base            65536         65024         43008         40448         42496         41472
  43. End             72098         65033         43208         40478         42516         41672
  44. End1            72192         65536         43520         40960         43008         41984
  45. Wr Pntr         65536         65024         43008         40448         42496         41472
  46. Rd Pntr         72098         65033         43208         40478         42516         41672
  47. Length           6562             9           200            30            20           200

  49. Number            997           998           999
  50. Base            41984         40960         77312
  51. End             42274         41160        179816
  52. End1            42496         41472        180224
  53. Wr Pntr         41984         40960         77312
  54. Rd Pntr         42274         41160         79816
  55. Length            290           200        102504


  58. dumping /fiocom/, unit = 2 NFiles =     1 SizExt =         0 WInBlk =       512
  59.                    defal = F LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

  61. Number              0
  62. Base            40448
  63. End             65536
  64. End1            65536
  65. Wr Pntr         40448
  66. Rd Pntr         40448
  67. Length          25088


  70. dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  71.                    defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

  73. Number              0
  74. Base            40448
  75. End             65536
  76. End1            65536
  77. Wr Pntr         40448
  78. Rd Pntr         40448
  79. Length          25088
  80. FileIO operation on non-existent file.
  81. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -584 Len=          36 IPos=           0 Q=   47012767336112
  82. Error termination in NtrErr:
  83. NtrErr Called from FileIO.
复制代码
  1. %chk=temp.chk
  2. Bad file opened by FileIO:  Unit=2 I=  2 FPrev=40960 FCur=    0.
  3. FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=        135419884


  6. dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  7.                    defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

  9. Number           0
  10. Base         20480
  11. End          65536
  12. End1         65536
  13. Wr Pntr      20480
  14. Rd Pntr      20480
  15. Length       45056
  16. Error termination in NtrErr:
  17. NtrErr Called from FileIO.
复制代码

NtrErr Called from XXXXXX的报错成因非常复杂，且真实报错离末尾较远，初学者常只贴 Error termination in NtrErr: NtrErr Called from XXXXXX. 乃至最后一屏幕等，实际上在其上的一堆数字之上，例如最开始的案例的实际报错是，后面一堆乱码一样的文字对用户没啥用：
  1. Structure from the checkpoint file:  "sideroidide_CS_1_opt.chk"
  2. FileIO operation on non-existent file.
复制代码
此时就很有可能是chk文件出了什么问题。应首先检查chk文件是否存在、可读，例如可以检查：
（1）路径是否正确、完整（如路径存在中文、存在空格、存在括号、没写扩展名等低级错误）
（2）使用相对路径时，“相对”的不对，如两次运行程序时CWD（PWD）不同，导致不能找到同一个文件，可以将完整路径（Windows从盘符开始，Linux从/开始）
（3）文件权限问题。在Linux上检查路径存在、相应文件（文件夹）有正确的读写权限。在Windows上，不要将临时文件存储在需要特殊权限的目录下，或者给Gaussian程序管理员权限后再运行。
（4）文件是否存在，例如我见过某些脚本在计算完成后会自动将chk文件删除、或将chk文件转化为fchk文件，此时当然会出错。
（5）如果实在找不到本质、应当先去除所有需要用到chk文件做输入的因素后重试，例如放弃使用geom=allcheck, guess=read之类的关键词从头开始算试试，可解决一大部分报错。这在本文一开始的部分也提到过。

注意类似因chk文件问题产生的报错有时并不直接，如下面这个案例中：
  1. ******************************************
  2. Gaussian 09:  ES64L-G09RevE.01 30-Nov-2015
  3.                 28-Sep-2016
  4. ******************************************
  5. %nprocshared=14
  6. Will use up to   14 processors via shared memory.
  7. %mem=43522MB
  8. ----------------------------------------------------------------------
  9. #p m062x/genecp opt=(nofreeze,noeigentest,readfc,gdiis,maxstep=10,notr
  10. ust,ts,restart) int=ultrafine freq empiricaldispersion=gd3 5d 7f scrf=
  11. (smd,solvent=acetonitrile)
  12. ----------------------------------------------------------------------
复制代码
......
  1. Berny optimization.
  2. Restoring state from the checkpoint file "/home/gauuser/Gaussian/PhS_Rad_Cyc/4_5
  3. _TS/4_5_TS[Complete_M062X]_Step2[TS_opt].chk".
  4. ONIOM data not found on unit 2.

  6. FileIO operation on non-existent file.
  7. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140735655680592


  10. dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    12 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  11.                    defal = T LstWrd =      596480 FType=2 FMxFil=10000

  13. ......

  15. dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  16.                    defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

  18. Number              0
  19. Base            40448
  20. End             65536
  21. End1            65536
  22. Wr Pntr         40448
  23. Rd Pntr         40448
  24. Length          25088
  25. FileIO operation on non-existent file.
  26. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -997 Len=          20 IPos=           0 Q=  140735655680592
  27. Error termination in NtrErr:
  28. NtrErr Called from FileIO.
复制代码
按上面方法看似实际有效的报错为“ONIOM data not found on unit 2.”，但其实这根本不是个ONIOM任务，输入文件与ONIOM毫无关系。
其看似报出ONIOM错误的原因是，在正常的opt=restart任务中，程序会在尝试读取 ONIOM data 之后进行标题和Route的读取（见下面的样例），故上述错误很可能是在此处读取这些信息时出错。故也可通过不读取chk文件解决。分析出这个问题需要了解类似的正常任务中“将会有什么输出”，难度较大。

  1. Restoring state from the checkpoint file "/home/gauuser/Gaussian/PhS_Rad_Cyc/2_Z
  2. E_transform/TS[Complete_M062X]_Step2[TS_opt]cont.chk".
  3. ONIOM data not found on unit 2.
  4. Title:  TS [EXTRACT_GEOM]:2,7,12
  5. Route:  #p m062x/genecp opt=(noeigentest,ts,calcfc,nofreeze) int=ultrafine freq
  6. empiricaldispersion=gd3 geom=allcheck 5d 7f scrf=(smd,solvent=acetonitrile) gues
  7. s=tcheck
  8. FncErr=1.00D-07 GrdErr=1.00D-06
复制代码

还有些杂七杂八的情况，诸如我在做片段初猜的计算时，误将多重度 0 1 0 2 0 -2 输入为 0 1 0 3 0 -3，结果即有如下的错误
  1. (Enter /home/gauuser/g09/l122.exe)
  2. Structure from the checkpoint file:  "sideroidide_CS_1_opt.chk"
  3. FileIO operation on non-existent file.
  4. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -584 Len=          36 IPos=           0 Q=   47012767336112


  7. dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =    33 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  8.                    defal = T LstWrd =     1206272 FType=2 FMxFil=10000

  10. Number              0           501           502           503           507           511
  11. Base           216576         43520         72192        180736        181760        196608
  12. End           1206272         44520         76297        180821        181925        197835
  13. End1          1206272         44544         76800        181248        182272        198144
  14. Wr Pntr        216576         43520         72192        180736        181760        196608
  15. Rd Pntr        216576         44520         72192        180736        181760        196608
  16. Length         989696          1000          4105            85           165          1227


  19. ......


  22. dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
  23.                    defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

  25. Number              0
  26. Base            40448
  27. End             65536
  28. End1            65536
  29. Wr Pntr         40448
  30. Rd Pntr         40448
  31. Length          25088
  32. FileIO operation on non-existent file.
  33. FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -584 Len=          36 IPos=           0 Q=   47012767336112
  34. Error termination in NtrErr:
  35. NtrErr Called from FileIO.
复制代码
此时只能根据出错的Link数来推测、测试，得知真正为多重度设定问题。

总结一下我解决这个报错大致思路：

（1）去除所有需要读chk、restart的操作尝试
（2）在大堆数字的上面找到真正的报错，找有效信息
（3）输入文件中用#p代替#，观察出错的Link，思考相关原因
（4）其他杂七杂八问题，硬盘满了，权限问题，路径中有奇怪的字符等等
（5）若在优化过程中出现这个问题，可以将当前结构保存重新开始一个任务，偶尔能解决。
（6）Gaussian Bug，如果排查了上述问题、做了化简，换了新版本、机器、跑多次都能重复这个错误，参阅下文关于Gaussian Bug的说明。

如果做了上述尝试还未能解决这个问题，要向别人提问的话请提供完整的输入输出。
作者
Author: Q-Chembio-llg    时间: 2020-4-6 00:13
liyuanhe211 发表于 2020-4-5 22:06
过一段时间再看就有了。刚才修改了一下需等Sob审核。相关部分内容如下：

好的看到了，非常感谢您！
作者
Author: sobereva    时间: 2020-4-6 19:56
这种提示一看就知道是.chk文件读写失败导致的
检查%chk设的路径中的目录是否存在，不存在的话显然不可能在此目录下创建新文件
另外路径里有空格是非常坏的习惯，搞计算化学的需要在目录里写空格的情况一律应当替换为下划线
作者
Author: Q-Chembio-llg    时间: 2020-4-6 20:18
sobereva 发表于 2020-4-6 19:56
这种提示一看就知道是.chk文件读写失败导致的
检查%chk设的路径中的目录是否存在，不存在的话显然不可能在 ...

好的我记住了以后一定改正，非常感谢sob老师纠错！
作者
Author: xiaobai123    时间: 2023-3-31 15:04
输入：%chk=10F-2.chk
#P B2PLYPD3/def2TZVP geom=allcheck
输出： %chk=10F-2.chk
Bad file opened by FileIO:  Unit=2 LstWrd=   4075520 LenFil=    775680 NIntWP=1.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=          7677528


dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles =     1 SizExt =    524288 WInBlk =       512
                   defal = T LstWrd =       65536 FType=2 FMxFil=10000

Number              0
Base            40448
End             65536
End1            65536
Wr Pntr         40448
Rd Pntr         40448
Length          25088
Bad file opened by FileIO:  Unit=2 LstWrd=   4075520 LenFil=    775680 NIntWP=1.
FileIO: IOper= 9 IFilNo(1)=     2 Len=           0 IPos=           0 Q=          7677528
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.
看完上面的帖子我认为是CHK文件出了问题，可是我这是之前sob老师发的溶解自由能案例的第二步运算，需要在第一步运算的基础上进行，所以我是将第一步得到的log文件用高斯打开后保存为第二步的gjf文件，然后与第一步的chk文件改好名字后保存在一起进行运算的，出了这样错误，请问如何解决



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