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标题: 请问利用DPD筛选出了载体体系和药物后，可以用RDG分析这两者之间相互作用吗 [打印本页]

作者
Author: 大王雷 时间: 2020-4-6 18:09
标题: 请问利用DPD筛选出了载体体系和药物后，可以用RDG分析这两者之间相互作用吗
本帖最后由大王雷于 2020-4-6 18:11 编辑

老师，请问利用DPD筛选出了载体体系和药物后，可以用RDG分析这两者之间相互作用吗？如果不行，有什么可以探究的方法吗？（也可以是比下图两子分子分子量更小的体系）
[attach]24715[/attach]药物分子
(, 下载次数 Times of downloads: 25) 载药体系

(, 下载次数 Times of downloads: 28) 药物分子

作者
Author: sobereva 时间: 2020-4-6 19:24
如果DPD是指耗散粒子动力学，对这种体系用DPD非常莫名其妙，而且跑完了也没法给你原子级别的结构，不可能做RDG分析。

如果你用常规全原子动力学，跑完了之后提取有代表性的一些帧，做优化后再用RDG（可以结合promolecular近似），那倒是可以。不过相对来说更建议用IGM，这样分析分子间作用的时候可以完全避免让分子内的也显示出来，看得清楚。
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）

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